在起诉“小三”并申请调查令的过程中，被告（即“小三”）通常是会知道的。以下从几个方面为你详细解释：
一、法律程序的角度
调查令的申请与送达：调查令是法院为了调查案件相关事实而签发的一种法律文书。当你作为原告向法院申请调查令时，法院会对你的申请进行审查。如果法院认为有必要签发调查令，它会将调查令送达给相关单位或个人（如银行、通讯公司等），要求这些单位或个人提供与案件相关的信息。同时，在调查过程中，如果涉及到对被告的调查，被告也有可能会被告知调查令的存在，尤其是在调查令的执行需要被告配合或涉及被告权益的情况下。
诉讼程序的公开性：民事诉讼程序通常具有一定的公开性。虽然涉及个人隐私的部分可能会受到保护，但诉讼的基本进程和主要法律文书（如起诉状、答辩状、判决书等）通常是需要送达给当事人的。因此，在起诉“小三”的过程中，被告作为当事人之一，会收到法院送达的相关法律文书，从而知晓自己被起诉以及调查令的申请情况。
二、实际操作的层面
调查令的执行：调查令的执行往往需要相关单位或个人的配合。在执行过程中，如果涉及到对被告的调查（如查询被告的银行账户、通讯记录等），相关单位或个人可能会要求法院提供调查令作为依据，并可能会将调查令的内容告知被告（尤其是在需要被告提供协助或确认的情况下）。
被告的应诉权利：作为诉讼当事人，被告有权了解诉讼的进展情况，包括原告提出的各项申请和法院作出的各项裁定。因此，即使调查令本身不直接送达给被告，被告在应诉过程中也会通过其他途径（如法院的通知、原告的起诉状等）了解到调查令的申请情况。
三、法律建议
充分准备证据：在起诉“小三”并申请调查令之前，建议你充分准备相关证据，以证明“小三”与你的配偶之间存在不正当关系以及因此给你造成的损害。这样不仅可以提高调查令申请的成功率，还可以在诉讼过程中占据有利地位。
了解法律程序：在起诉过程中，建议你了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的权益。如果你对法律程序不熟悉或存在疑问，可以随时向我咨询。
保护个人隐私：在诉讼过程中，要注意保护个人隐私和敏感信息。如果调查令涉及个人隐私或敏感信息，你可以向法院提出申请，要求法院对相关信息进行保密处理。
如果你在起诉“小三”并申请调查令的过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。