在综合计算工时工作制下，法定休息日的计算及工资支付规则如下：

1. 法定休息日的基本定义
   根据《劳动法》第三十八条，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时（实践中多按每周40小时执行），超出部分需支付加班费。而法定休息日通常指周末（周六、周日），但实行综合计算工时制的岗位，其休息日安排可由企业根据生产特点灵活调整，不强制要求固定周末休息，但需保证劳动者每周至少休息1天（依据《国务院关于职工工作时间的规定》第三条）。

2. 综合计算工时制下休息日加班的认定

   • 周期内总工时未超标：若在综合计算周期（如周、月、季、年）内，劳动者总实际工作时间未超过法定标准工时（如月标准工时166.64小时），则即使某周或某月内周末工作，也不视为加班，企业无需支付加班费。
     
   • 周期内总工时超标：若总工时超过法定标准，超出部分按以下规则处理：
     
     • 工作日延长工时：每日超8小时部分，按不低于工资的150%支付加班费；
       
     • 休息日加班：在综合周期内，若周末工作导致总工时超标，超出部分按不低于工资的200%支付加班费（即使周末本身未单独超时）；
       
     • 法定节假日加班：无论周期内总工时是否超标，法定节假日工作的均按不低于工资的300%支付加班费。

3. 特殊情形下的休息日安排

   • 不定时工作制：若企业经审批实行不定时工作制（如高管、外勤人员），则不适用加班费规则，但法定节假日工作仍需支付300%工资。
     
   • 调休替代加班费：综合计算工时制下，企业可通过安排补休替代休息日加班费，但需满足两个条件：
     
     • 补休需在下一个综合计算周期内完成；
       
     • 劳动者同意调休（实践中多以书面形式确认）。

4. 实务建议

   • 劳动者：保留考勤记录、工资条等证据，若发现企业未依法支付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 企业：需提前向劳动行政部门申请综合计算工时制审批，并在劳动合同中明确工时制度及加班费计算方式，避免纠纷。

示例：
某企业实行以月为周期的综合计算工时制，标准工时为166.64小时/月。若劳动者当月实际工作180小时（含4个周末共32小时），则超出部分为13.36小时，企业需按200%支付加班费；若当月实际工作200小时（含法定节假日8小时），则法定节假日8小时按300%支付，其余25.36小时按200%支付。

如有具体案例或地区政策差异，可进一步向我咨询。