结论：挂靠人将工程转包给实际施工人后，挂靠人起诉公司与实际施工人，该案件的性质可能涉及合同纠纷，但具体还需根据起诉的具体内容和事实情况来判断，也可能涉及其他法律关系。以下从不同角度进行分析：
合同纠纷角度
转包合同关系：
- 如果挂靠人与实际施工人之间签订了转包合同，并且该合同是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，那么该合同是有效的。
- 在这种情况下，如果挂靠人起诉公司与实际施工人，可能是基于转包合同中的某些条款，如工程款支付、违约责任等，那么该案件可以认定为合同纠纷。
挂靠合同关系：
- 挂靠人与公司之间通常存在挂靠合同关系，挂靠人以公司的名义承接工程。
- 如果挂靠人起诉公司，可能是基于挂靠合同中的权利义务关系，如挂靠费用、管理责任等，同时涉及实际施工人的相关权益，这也可能构成合同纠纷的一部分。
其他法律关系角度
实际施工人权益保护：
- 根据相关法律法规，实际施工人在特定情况下有权直接向发包人（即公司）主张工程款。
- 如果挂靠人起诉公司与实际施工人，且实际施工人提出反诉或抗辩，要求公司支付工程款，那么该案件可能不仅涉及合同纠纷，还涉及实际施工人权益保护的法律问题。
违法转包与无效合同：
- 如果挂靠人将工程转包给实际施工人的行为违反了法律法规的强制性规定（如禁止违法转包），那么该转包合同可能是无效的。
- 在这种情况下，挂靠人起诉公司与实际施工人可能涉及合同无效后的法律后果处理，如返还财产、赔偿损失等，这可能使案件性质更加复杂，不仅限于合同纠纷。
综合分析
- 案件性质判断：要准确判断该案件的性质，需要详细审查挂靠人、公司与实际施工人之间的法律关系、合同内容以及起诉的具体事实和理由。
- 法律建议：
- 对于挂靠人而言，在起诉前应仔细审查相关合同和法律法规，明确自己的诉讼请求和事实依据。
- 对于公司和实际施工人而言，应积极应诉，提供相关证据和法律依据来维护自己的合法权益。
- 在整个诉讼过程中，各方应保持沟通与合作，尽量通过协商或调解解决争议，以减少诉讼成本和时间。
进一步思考：在实际操作中，挂靠、转包等行为往往涉及复杂的法律关系和利益纠葛。因此，在处理此类案件时，除了考虑合同纠纷外，还应充分考虑其他可能的法律关系和法律后果。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。