结论：土地性质合法变更后，原违建的查处责任主体通常仍为原负责查处的相关部门，但具体查处情况需结合违建状态、变更程序合法性及当地政策综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、查处责任主体的确定
原查处部门继续负责：
- 土地性质变更本身并不直接改变违建的违法性质。若违建在土地性质变更前已存在，且变更过程中未对违建进行合法化处理（如补办规划许可、施工许可等），则原负责查处的部门（如城市管理综合执法部门、自然资源部门等）仍应继续履行查处职责。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
变更后新情况的处理：
- 若土地性质变更后，违建因符合新的规划要求或其他条件而得以合法化（如通过补办手续、调整规划等），则原查处部门可能不再继续查处，但需确保变更程序合法合规，且违建已满足新的规划要求。
- 特殊情况：若土地性质变更涉及重大公共利益或城市规划调整，且违建严重影响变更后的土地使用，则相关部门可能依法启动查处程序，要求限期拆除或采取其他补救措施。
二、查处程序的合法性
程序合规性：
- 无论土地性质是否变更，查处违建均需遵循法定程序，包括立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定、送达与执行等环节。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在查处违法行为时，必须遵循法定程序，确保当事人的合法权益不受侵害。
变更对查处程序的影响：
- 土地性质变更可能影响查处程序的某些环节，如调查取证的范围、处罚决定的依据等。但变更本身并不构成免除查处责任的理由，相关部门仍需依法履行职责。
三、实际案例与政策考量
实际案例：
- 在实践中，土地性质变更后原违建的查处情况因地区、政策、违建性质等因素而异。有些地区可能采取“新官不理旧账”的态度，对变更前的违建不予追究；而有些地区则可能坚持“违法必究”的原则，继续查处。
政策考量：
- 地方政府在制定土地性质变更政策时，通常会考虑违建问题的处理。有些政策可能明确规定变更后违建的查处责任主体和程序；而有些政策则可能留待具体案件中由相关部门根据实际情况判断。
四、建议与风险提示
对违建所有者的建议：
- 若您拥有或管理违建，且土地性质即将或已经变更，建议主动咨询当地相关部门（如城市管理综合执法部门、自然资源部门等），了解违建的处理政策和程序。
- 积极配合相关部门的调查和处理工作，避免因拒不配合而面临更严厉的处罚。
风险提示：
- 违建始终存在被查处的风险，无论土地性质是否变更。因此，建议违建所有者尽快采取合法化措施（如补办手续、调整规划等），以降低法律风险。
- 若违建因土地性质变更而面临拆除等严重后果，建议及时寻求法律援助，维护自身合法权益。
总结：土地性质合法变更后，原违建的查处责任主体通常仍为原负责查处的相关部门。但具体查处情况需结合违建状态、变更程序合法性及当地政策综合判断。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。