针对您提出的“违法变更土地性质怎么赔偿”的问题，这实际上涉及到了法律责任和赔偿机制两个方面。首先，需要明确的是，违法变更土地性质是一种严重的违法行为，其法律责任和赔偿方式主要依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》以及《中华人民共和国刑法》等相关法律法规来确定。

一、法律责任

1. 行政责任：

   • 责令限期改正：县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令违法者限期改正，即恢复土地原状或按照批准的用途使用土地。
   • 没收违法所得：若违法者通过改变土地用途获得了经济利益，这些违法所得将被依法没收。
   • 罚款：根据违法情节的严重程度，违法者可能面临不同数额的罚款。罚款的具体数额会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素来确定。
   • 拆除违法建筑：在符合土地利用总体规划但不符合城市规划的情况下，或者严重违反城市规划且无法采取改正措施消除影响时，违法建筑可能被责令限期拆除。

2. 刑事责任：

   • 如果改变土地用途的行为构成犯罪，如涉及非法转让、倒卖土地使用权罪或非法占用农用地罪等，相关责任人员将面临刑事追责。刑事责任的量刑标准会根据犯罪的性质、情节以及造成的后果等因素来确定，可能包括有期徒刑、拘役以及罚金等。

二、赔偿机制

在违法变更土地性质的情况下，赔偿机制主要涉及到对受损方的补偿。这通常包括以下几个方面：

1. 土地恢复费用：

   • 如果土地因违法变更而遭受了破坏或损失，违法者需要承担土地恢复的费用。这包括土壤改良、植被恢复等费用，以确保土地能够恢复到原有的使用状态或符合规划要求。

2. 经济损失赔偿：

   • 如果违法变更土地性质导致了他人经济损失，如农作物减产、土地租金损失等，违法者需要承担相应的经济损失赔偿责任。赔偿金额将根据实际损失情况来确定，并可能包括直接损失和间接损失。

3. 生态修复费用：

   • 在某些情况下，违法变更土地性质可能对生态环境造成了破坏。此时，违法者需要承担生态修复的费用，以恢复生态环境的平衡和稳定。

三、具体案例与建议

以某企业为例，若该企业未经批准擅自将工业用地改为商业用地用于房地产开发，其行为不仅违反了《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，还可能构成非法转让、倒卖土地使用权罪。在这种情况下，政府相关部门将依法对该企业进行查处，包括责令限期改正、没收违法所得、处以罚款，并可能要求拆除已建成的违法建筑。同时，如果该行为导致了他人经济损失或生态环境破坏，该企业还需要承担相应的赔偿责任。

建议：在进行任何与土地使用性质改变有关的活动之前，务必咨询专业的法律人士或机构，以确保行为的合法性和合规性。通过专业指导，可以有效避免可能的法律风险和经济损失。如果已经发生了违法变更土地性质的行为，建议尽快与相关部门沟通并主动承担责任，以减轻可能的法律后果和赔偿责任。