结论：乙方在甲方付款后将项目发票作废的行为是否违法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若乙方作废发票存在合法理由且履行了法定程序
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票作废需满足特定条件（如发票开具错误、销货退回等），且需在开票当月内通过税务系统操作，同时收回原发票全部联次。若乙方因上述合法原因作废发票，并及时向甲方重新开具合规发票，则不构成违法。但需注意：

   • 乙方需确保作废行为符合税务机关规定，避免因操作不当引发税务风险；
     
   • 乙方应及时与甲方沟通，避免因发票作废影响甲方财务处理或税务抵扣。

2. 若乙方作废发票无合法理由或未履行法定程序
   若乙方在无合法事由（如虚构业务、逃避纳税等）的情况下作废发票，或未按规定收回原发票联次、未重新开具发票，则可能涉嫌以下违法行为：

   • 虚开发票：根据《刑法》第二百零五条，虚开发票（包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开）情节严重的，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
     
   • 偷逃税款：若乙方通过作废发票隐瞒收入、少缴税款，可能构成《税收征收管理法》第六十三条规定的偷税行为，需补缴税款、滞纳金，并处不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下罚款；
     
   • 行政处罚：即使未达到刑事犯罪标准，税务机关也可根据《发票管理办法》第三十五条，对乙方处1万元以下罚款，情节严重的可吊销发票领用资格。

3. 对甲方的影响及应对建议

   • 财务风险：若乙方未重新开具发票，甲方可能因无法取得合规票据而无法税前扣除成本，增加税务负担；
     
   • 合同履行风险：若发票作废导致甲方无法完成付款凭证的合规性审查，可能影响项目结算或引发合同纠纷；
     
   • 应对措施：甲方应立即要求乙方说明作废原因，并督促其重新开具发票；若乙方拒绝或无法提供合法理由，可向税务机关举报或通过法律途径追究乙方违约责任。

总结：乙方作废发票是否违法，关键在于作废理由是否合法、程序是否合规。若存在违法行为，乙方可能面临刑事或行政责任，同时甲方也需关注自身权益保护。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。