在建设工程纠纷中，若原告主张的金额与实际工程量不符，法院的判决会基于证据规则、合同约定及法律规定进行综合判断，具体可能存在以下几种情形：

1. 若原告无法充分举证证明其主张的工程量及金额
   根据《民事诉讼法》第六十七条，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。若原告仅口头主张工程量，但未提供签证单、施工记录、监理确认单等直接证据，或提供的证据存在瑕疵（如签字不全、内容模糊），法院可能以“证据不足”为由驳回其部分或全部诉求。例如，原告主张额外增加了100立方米混凝土浇筑，但仅提供单方制作的施工日志，无监理签字或被告确认，法院可能不予采信。

2. 若被告能提供反证证明实际工程量与原告主张不符
   若被告提交了完整的工程计量资料（如竣工图、验收报告、第三方审计报告），或通过申请司法鉴定证明实际工程量远低于原告主张，法院可能直接采纳被告证据，按实际工程量计算工程款。例如，被告提供经双方确认的竣工图，显示原告主张的某部分工程并未实际施工，法院可能扣除该部分金额。

3. 若双方均未充分举证，法院可能委托司法鉴定
   根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十条，若争议事实需通过专业鉴定才能查明，法院可依职权或应一方申请委托鉴定机构对工程量进行评估。鉴定结论将作为法院裁判的重要依据。例如，双方对土方开挖量争议较大，法院委托测绘公司现场勘验后，以鉴定报告确定的工程量为准判决。

4. 若合同对工程量计算有明确约定，法院优先适用合同条款
   若建设工程施工合同中约定了工程量计算规则（如按图纸计量、按实际完成量计量）、变更签证流程或固定单价条款，法院会首先审查合同履行情况。若原告未按合同约定办理变更签证，或合同明确约定“未签证部分不予结算”，法院可能不支持原告主张。例如，合同约定“工程量变更需经双方书面确认”，原告未提供签证单，法院可能驳回其增量工程款诉求。

法律建议：

• 对原告而言，需在施工过程中及时固定证据（如要求被告签字确认工程量、保存施工照片、录像等），避免事后举证困难；
  
• 对被告而言，若发现原告虚报工程量，应立即提出书面异议并留存证据，必要时申请司法鉴定；
  
• 双方均可在合同中明确约定工程量计算规则、变更签证流程及争议解决方式，以减少纠纷。

若您涉及此类纠纷，建议提供具体合同条款、施工记录等材料，以便进一步分析案件走向。