结论：自建房有营业执照开设修理厂是否合法，需结合房屋性质、规划用途、营业执照经营范围及是否符合相关法规要求综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 房屋性质与规划用途

• 合法性前提：根据《城乡规划法》及地方性法规，自建房需取得《建设工程规划许可证》或《乡村建设规划许可证》，且用途需符合规划要求（如住宅、商业、工业等）。若房屋规划用途为“住宅”，擅自改为经营性用房（如修理厂），可能违反规划用途限制。
• 例外情形：若房屋规划用途为“商业”或“工业”，且符合消防、环保等要求，则可直接用于经营。若为住宅但通过“住改商”程序（如经有利害关系的业主同意并办理相关手续），也可合法经营。

2. 营业执照与经营范围

• 营业执照合法性：若已取得营业执照，说明工商部门已初步审核经营场所的合法性（如产权证明、租赁合同等）。但营业执照仅证明主体资格，不直接等同于经营场所完全合法。
• 经营范围匹配：营业执照需明确包含“汽车维修”或相关经营范围。若实际经营内容超出范围，可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。

3. 行业特殊许可与合规要求

• 行业许可：开设修理厂需取得《道路运输经营许可证》（或地方性维修资质证书），并满足场地、设备、技术人员等条件。若未取得许可，即使有营业执照也属非法经营。
• 环保与消防要求：修理厂可能涉及废油、废气排放，需符合《大气污染防治法》《消防法》等规定。若未通过环保验收或消防检查，可能被责令整改或关闭。

4. 实际案例与风险

• 合法案例：若房屋为商业用途、已办理住改商手续、营业执照与经营范围匹配、取得行业许可且合规经营，则合法。
• 违法风险：若房屋为住宅未改性、无行业许可、环保或消防不达标，可能面临：
  • 工商部门：吊销营业执照、罚款；
  • 规划部门：责令恢复原状、强制拆除；
  • 环保部门：责令停业、高额罚款；
  • 消防部门：临时查封、行政拘留（如造成严重后果）。

5. 建议与行动步骤

• 核查房屋手续：确认自建房是否取得规划许可、用途是否为商业或已合法改性。
• 完善行业许可：向交通管理部门申请《道路运输经营许可证》，确保场地、设备、人员符合要求。
• 通过环保与消防验收：委托专业机构检测排放，配置消防设施并通过验收。
• 定期自查合规性：避免超范围经营、擅自改变房屋结构或用途。

总结：自建房开设修理厂的合法性需以房屋规划用途、行业许可、环保消防合规为前提。若已取得营业执照，仍需进一步核查上述条件是否满足。如有疑问或需具体指导，可直接向我咨询，我将结合您所在地的具体法规提供针对性建议。