农民在自建房内开设修理厂是否合法，需视具体情况而定，主要取决于房屋用途是否符合规划、是否办理了相关经营手续以及是否满足消防安全等要求。以下从不同角度进行分析：
一、房屋用途与规划
宅基地用途限制：
- 宅基地主要用于建造住宅及其附属设施，供农民居住使用。若将宅基地上的自建房用于开设修理厂，可能改变了土地用途，违反了宅基地的用途限制。
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，未经批准，不得擅自改变土地用途。因此，若未办理相关土地用途变更手续，将宅基地用于非居住用途（如开设修理厂）可能面临法律风险。
规划许可：
- 开设修理厂可能需要符合当地的城乡规划要求。若自建房所在区域规划为居住区，则开设修理厂可能不符合规划要求。
- 在开设修理厂前，应咨询当地规划部门，了解是否允许在该区域开设修理厂，并办理相应的规划许可手续。
二、经营手续
工商注册：
- 开设修理厂需要进行工商注册，取得营业执照。这是合法经营的基本前提。
- 在注册时，需提供房屋产权证明或租赁合同等材料，以证明经营场所的合法性。若自建房未取得产权证明或存在产权纠纷，可能影响工商注册。
行业许可：
- 根据修理厂的具体业务范围，可能还需要办理相关的行业许可手续。例如，若涉及汽车维修，可能需要办理汽车维修经营许可证。
- 不同地区的行业许可要求可能有所不同，应咨询当地相关部门了解具体要求。
三、消防安全
消防安全要求：
- 修理厂作为经营场所，需满足消防安全要求。这包括消防设施的配备、消防通道的畅通、易燃易爆物品的储存等。
- 若自建房未满足消防安全要求，开设修理厂可能存在安全隐患，并可能面临消防部门的处罚。
消防验收：
- 在开设修理厂前，应进行消防验收，确保经营场所符合消防安全标准。若未通过消防验收，不得擅自开业。
四、建议与风险提示
咨询相关部门：
- 在开设修理厂前，建议咨询当地土地、规划、工商、消防等部门，了解相关法律法规和政策要求，确保合法合规经营。
办理相关手续：
- 根据咨询结果，办理土地用途变更、规划许可、工商注册、行业许可等手续，确保经营场所的合法性和经营活动的合规性。
风险提示：
- 若未办理相关手续或违反相关法律法规要求，可能面临罚款、停业整顿、吊销营业执照等法律风险。同时，还可能因安全隐患引发安全事故，造成人员伤亡和财产损失。
综上所述，农民在自建房内开设修理厂是否合法需视具体情况而定。在开设前，应充分了解相关法律法规和政策要求，办理相关手续，确保合法合规经营。若您有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。