结论：公司以员工在职仲裁为由强制休假，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，但一般情况下，这种做法可能涉嫌违法。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动法的角度来看
休假权与强制休假的区别：
- 休假权是劳动者的合法权益，通常基于劳动合同、公司规章制度或国家法律法规的规定。
- 强制休假则是指公司单方面决定让员工休假，而不考虑员工的意愿或实际工作需要。
强制休假的合法性：
- 如果公司能够证明强制休假是出于合理的经营需要，如业务调整、设备维护等，并且已经按照法定程序（如提前通知、与员工协商等）进行，那么这种强制休假可能是合法的。
- 然而，如果公司仅仅以员工在职仲裁为由强制休假，且没有合理的经营需要作为支撑，那么这种做法很可能涉嫌违法。因为员工在职仲裁是其维护自身合法权益的一种方式，公司不应因此对其进行打击报复或限制其工作权利。
二、从仲裁与工作的关系来看
仲裁不影响工作权利：
- 员工在职期间提起仲裁，是其行使法律赋予的权利，旨在解决与公司的劳动争议。
- 仲裁过程本身并不应影响员工的工作权利，除非仲裁裁决明确要求员工暂停工作或公司能够证明员工继续工作会对仲裁过程产生不利影响。
公司不得利用仲裁进行打击报复：
- 公司应尊重员工的仲裁权利，不得利用仲裁作为打击报复员工的手段。
- 如果公司以员工在职仲裁为由强制休假，且没有合理的解释或依据，那么这种做法很可能被视为对员工的打击报复，从而涉嫌违法。
三、从实际操作与建议的角度来看
员工应保留证据：
- 如果员工遭遇公司以在职仲裁为由强制休假的情况，应首先保留相关证据，如公司通知、休假记录、与公司的沟通记录等。
员工可寻求法律援助：
- 员工可以咨询专业律师（如我，贾志波律师，专注于劳动纠纷领域），了解自己的权益和可能的维权途径。
- 如果认为公司的行为涉嫌违法，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司恢复其工作权利并赔偿因此造成的损失。
公司应谨慎处理：
- 公司应谨慎对待员工的仲裁请求，避免采取过激或违法的行为。
- 如果公司确实需要调整员工的工作安排，应提前与员工进行沟通并协商达成一致意见，确保调整过程合法合规。
总结与建议：公司以员工在职仲裁为由强制休假，这一行为在缺乏合理经营需要支撑的情况下，很可能涉嫌违法。员工应保留相关证据并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。同时，公司也应谨慎处理员工的仲裁请求，避免采取违法或过激的行为。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。