结论：员工因吸毒被公安机关抓了，公司是否可以解除劳动关系，需根据具体情况判断，若员工被依法追究刑事责任，公司可以解除劳动合同；若未被追究刑事责任，但吸毒行为严重违反公司规章制度，公司同样可以解除劳动合同。以下从不同角度详细分析：
一、若员工被依法追究刑事责任
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。在此情况下，如果员工因吸毒行为被公安机关抓获，并经过司法程序被依法追究刑事责任（如判处有期徒刑、拘役等），那么公司有权依据该条款解除与员工的劳动关系，且无需支付经济补偿。
二、若员工未被追究刑事责任，但吸毒行为严重违反公司规章制度
公司规章制度的规定：
- 如果公司的规章制度中明确规定了吸毒行为属于严重违反公司纪律或规章制度的行为，并且该规章制度已经通过合法程序制定、公示并告知员工，那么公司可以依据该规章制度解除与员工的劳动关系。
解除劳动关系的合法性：
- 在此情况下，虽然员工未被追究刑事责任，但其吸毒行为已经严重违反了公司的规章制度，破坏了公司的正常工作秩序和团队氛围。因此，公司有权依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以员工严重违反公司规章制度为由解除劳动合同。
注意事项：
- 公司在解除劳动合同时，应确保规章制度的合法性和有效性，即规章制度必须经过民主程序制定、内容合法且已公示或告知员工。
- 公司在解除劳动合同时，应依法履行通知工会等程序性义务，以确保解除行为的合法性。
三、若员工未被追究刑事责任，且吸毒行为未严重违反公司规章制度
- 如果员工因吸毒行为被公安机关抓获，但并未被追究刑事责任，且其吸毒行为并未严重违反公司的规章制度，那么公司可能无法直接依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。
- 在此情况下，公司可以考虑与员工进行协商，寻求其他解决方案，如给予员工一定的警告、处分或要求员工接受戒毒治疗等。如果员工能够积极改正错误并恢复正常工作状态，公司也可以考虑继续与其保持劳动关系。
建议：公司在处理此类问题时，应首先了解员工的具体情况（如是否被追究刑事责任、吸毒行为的严重程度等），然后结合公司的规章制度和相关法律法规进行综合判断。如有需要，建议直接向我咨询，以便更准确地把握法律风险和应对策略。