结论：休年假通常应当算全勤，且公司不应因此扣减员工的全勤奖或影响其他福利待遇。不过，具体是否算全勤还需参考公司的规章制度或劳动合同中的相关约定。

法律法规支持

1. 带薪年休假性质：

   • 根据《职工带薪年休假条例》第二条，员工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这表明年假是带薪的，应视为正常工作时间，而非缺勤或旷工。
   • 《企业职工带薪年休假实施办法》第六条也强调，职工依法享受的年休假不计入其他假期，其性质与法定节假日相似，均属于带薪休息。

2. 全勤定义与年假关系：

   • 全勤通常指员工在规定出勤时间内按时到岗，未出现迟到、早退、旷工等违反考勤纪律的情况。而年假作为员工的法定权利，不属于缺勤或旷工范畴。
   • 因此，从逻辑上讲，休年假并不违反全勤的定义，也不应被视为缺勤行为。

公司规章制度的影响

• 尽管法律法规明确了年假的带薪性质和全勤的定义，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。
• 合法性判断：公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：
  1. 经过合法程序制定，如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
  2. 内容不违反法律法规的强制性规定，即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
  3. 合理性考量，若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。

特殊情况考虑

• 若员工在休年假的同时存在其他缺勤情况（如病假、事假等），这些缺勤可能会影响到全勤保底工资的发放。但这与仅因休年假而被扣减全勤奖的情况不同，应合理区分。
• 公司应合理制定考勤管理制度和奖金发放规则，确保既符合法律法规要求，又体现公平合理原则。

应对建议

1. 查看公司规定：员工应查阅公司关于全勤和年假的具体规定，确保自身权益不受侵害。
2. 沟通协商：若公司规定与法律法规相悖，或存在不合理之处，员工可与公司进行沟通协商，要求修正不合理规定。
3. 法律维权：在必要时，员工可通过劳动仲裁等法律途径维护自身合法权益，确保休年假不影响全勤认定及相应福利待遇的发放。

举例说明：假设某员工在公司工作满一年后，依法享受了5天的带薪年休假。在这5天里，他像正常工作一样获得了全额工资。如果公司规章制度中明确规定年休假不影响全勤考核，那么该员工在休完年假后仍应被视为全勤，并享受相应的全勤奖或其他福利待遇。

总结：休年假通常应当算全勤，且公司不应因此扣减员工的全勤奖或影响其他福利待遇。员工应了解自己的权益，并在必要时与公司沟通或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。