结论：休年休假通常不会影响全勤奖的获得，但具体情况可能受公司规章制度影响。以下从多个角度为你详细分析：
一、年休假与全勤奖的法律基础
年休假的法定性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十五条和《职工带薪年休假条例》第二条，劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
- 年假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。
全勤奖的发放原则：
- 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
- 由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。
二、公司规章制度对全勤奖的影响
公司规章制度明确规定的情况：
- 若公司规章制度中明确指出，年休假不影响全勤奖的评定，即年休假、调休等法定可休假期不视为缺勤，那么员工在依法休年假且满足其他全勤条件时，应获得全勤奖。
- 反之，如果公司规章制度将年休假纳入缺勤计算范围，并规定请假（包括年假）就不能获得全勤奖，那么在这种情况下，员工请年假后将无法获得全勤奖。但需注意，这样的规定不能违反法律法规关于年休假的基本权益保障。例如，若公司规章制度完全剥夺了劳动者休年假的权利，或者因休年假而给予不合理的处罚，这样的规定可能是无效的。
公司没有明确规定的情况：
- 在没有明确规章制度限制的情况下，从法律公平合理的角度出发，年休假是员工依法享有的休息权利，与因个人过错导致的缺勤有本质区别。因此，员工休年假不应影响全勤奖的获取。
三、实际操作与建议
了解公司规章制度：
- 劳动者在入职时或休年假前，应仔细阅读公司的规章制度，了解全勤奖的评定标准和年休假的相关规定。
与公司沟通协商：
- 如果公司规章制度中关于年休假和全勤奖的规定存在模糊或不合理之处，劳动者可以与公司进行沟通协商，明确表达自身合法权益。
维护自身权益：
- 若协商不成，且公司确实因员工休年假而扣除了全勤奖，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如公司规章制度、年假申请记录、工资条等，以证明自己的权益受到了侵害。
四、风险提示
- 公司规章制度的不合理性：虽然公司有权制定规章制度，但这些制度必须符合法律法规的要求，且不得侵犯劳动者的合法权益。如果公司规章制度中关于年休假和全勤奖的规定违反了法律法规，那么这些规定可能是无效的。
- 法律风险：公司若因员工休年休假而扣除全勤奖，可能面临法律风险，如被认定为侵害了劳动者依法享有的年休假权益。因此，建议公司在制定规章制度时充分考虑法律法规的要求，确保内容的合法性和合理性。
总结：休年休假通常不会影响全勤奖的获得，但具体情况可能受公司规章制度影响。劳动者应了解并遵守公司的相关规章制度，并在必要时与公司进行沟通协商以维护自身权益。如果遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。