结论：休年休假通常不会影响全勤奖的获得，但具体是否扣除全勤奖需依据公司规章制度及劳动合同内容来确定。

一、法律背景与年休假性质

根据《中华人民共和国劳动法》及《职工带薪年休假条例》的相关规定，劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。在年休假期间，劳动者享受与正常工作期间相同的工资收入，且该期间应视为出勤，不影响全勤考核或全勤奖的评定。

二、全勤奖的评定与年休假的关系

1. 公司规章制度明确规定的情况：

   • 如果公司规章制度中明确指出，年休假不影响全勤奖的评定，即年休假、调休等法定可休假期不视为缺勤，那么员工在依法休年假且满足其他全勤条件时，应获得全勤奖。
   • 反之，如果公司规章制度将年休假纳入缺勤计算范围，并规定请假（包括年假）就不能获得全勤奖，那么在这种情况下，员工请年假后将无法获得全勤奖。但这样的规定必须合法有效，且不能违反法律法规关于年休假的基本权益保障。例如，若公司规定因休年休假扣除全勤奖的比例过高，可能被视为侵犯了劳动者的合法权益。

2. 公司没有明确规定的情况：

   • 在没有明确规章制度限制的情况下，从法律公平合理的角度出发，年休假是员工依法享有的休息权利，与因个人过错导致的缺勤有本质区别。因此，员工休年假不应影响全勤奖的获取。

三、实践中的操作与建议

• 了解公司规章制度：员工在入职时应仔细审查劳动合同及公司规章制度中关于全勤奖金和年休假的相关规定，确保自己了解并遵守相关规定。
• 与公司沟通协商：如果员工发现公司在全勤奖评定上侵犯了自己的合法权益，首先应与公司进行友好协商沟通，说明情况并寻求解决。例如，可以提出公司规章制度中关于年休假与全勤奖的规定可能违反法律法规，要求公司按照法律规定执行。
• 寻求法律援助：若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如劳动合同、公司规章制度、考勤记录等，以证明自己的权益受到侵害。

四、风险提示

• 公司规章制度合法性：公司制定的规章制度必须合法有效，且不能违反法律法规关于年休假的基本权益保障。否则，该规章制度可能被视为无效，员工有权拒绝执行。
• 法律风险：如果公司因员工休年休假而扣除全勤奖，且该行为被认定为违法，公司可能面临法律风险，如被劳动监察部门责令改正、支付赔偿金等。

总结：休年休假通常不会影响全勤奖的获得，但具体是否扣除需依据公司规章制度及劳动合同内容确定。员工应了解并遵守相关规定，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。