休了年休假后，员工应被认定为全勤，且通常不会影响全勤奖的获得。这一结论基于以下法律分析和实际情况考量：
一、法律依据
《职工带薪年休假条例》第二条：
- 机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工，连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假。
- 职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这表明年休假是带薪的，应视为正常工作时间，不应影响全勤的评定。
《中华人民共和国劳动法》第五十一条：
- 劳动者在法定休假日以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。年休假作为劳动者的法定假期，自然包含在内。因此，用人单位在员工休年假期间，必须依法支付工资，不得扣减任何形式的劳动报酬，包括全勤奖。
《企业职工带薪年休假实施办法》第六条：
- 职工依法享受的年休假不计入其他假期，其性质与法定节假日相似，均属于带薪休息。这进一步支持了年休假期间应视为全勤的观点。
二、全勤的认定与年休假的关系
全勤的定义：
- 全勤通常指在一定的考勤周期内，员工按照用人单位的工作时间安排，正常出勤工作，无迟到、早退、旷工、请假等影响正常出勤的情况。
年休假与全勤的关系：
- 年休假是法律赋予劳动者的合法权益，并非员工主观上的缺勤。它与因个人原因请假、旷工等情况有本质区别。因此，从法律规定和公平合理的角度出发，员工休年休假后应被认定为全勤。
三、公司规章制度与特殊情况
公司规章制度的影响：
- 虽然法律明确规定了年休假的性质和待遇，但部分用人单位可能在规章制度中对全勤有特定定义，或者对年休假与全勤奖的关系有特别规定。然而，这些规定必须符合法律法规的要求，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果公司规章制度中明确规定休年休假不影响全勤奖的发放，那么员工休年休假后自然应获得全勤奖。如果公司规章制度中有相反规定，且该规定违反了法律法规，那么该规定可能无效。
特殊情况考虑：
- 若员工在休年假的同时存在其他缺勤情况（如病假、事假等），这些缺勤可能会影响到全勤保底工资的发放。但这与仅因休年假而被扣减全勤奖的情况不同。
- 公司应合理区分员工的不同缺勤类型，并依据合法有效的规章制度进行考勤管理和奖金发放。
四、建议与维权途径
查看公司规定：
- 员工应首先查阅公司关于全勤和年假的具体规定，确保自身权益不受侵害。
沟通协商：
- 若公司规定与法律法规相悖，员工可与公司进行沟通协商，要求修正不合理规定。
法律维权：
- 在必要时，员工可通过劳动仲裁等法律途径维护自身合法权益，确保休年假不影响全勤认定及相应福利待遇的发放。
总结来说，休了年休假后，员工应被认定为全勤，且通常不会影响全勤奖的获得。如果公司因此扣减全勤奖，员工有权依据法律法规和公司规章制度进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。