事业单位考勤打卡罚款是否合法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若罚款依据为地方性法规或规章，且程序合法，则可能合法
   根据《行政处罚法》第十七条，行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。事业单位本身并非行政机关，但若地方性法规（如省级政府规章）明确授权事业单位可对内部员工进行考勤管理处罚，且罚款金额未超过法定标准（如《劳动法》规定的工资扣除比例），同时履行了民主程序（如经职工代表大会讨论通过）并公示，则可能被认定为合法。但需注意，此类授权需严格限定在“内部管理”范畴内，且不得侵犯员工基本权益。

2. 若罚款无明确法律依据或程序违法，则不合法
   若事业单位直接依据内部规章制度（如《员工手册》）对迟到、缺勤等行为进行罚款，且未满足以下条件，则属于违法行为：

   • 法律依据缺失：我国《劳动法》《劳动合同法》未赋予用人单位罚款权，仅允许在员工造成经济损失时，按劳动合同约定要求赔偿（且需举证损失与行为的因果关系）；
     
   • 程序违法：若规章制度未经民主程序制定（如未征求职工意见）、未公示或告知员工，或罚款未通过工资支付记录等书面形式体现，均可能被认定为无效；
     
   • 金额超限：即使地方性法规允许罚款，若单次罚款超过员工当月工资的20%，或扣除后工资低于当地最低工资标准，亦属违法。

3. 替代性合法管理措施建议
   事业单位可通过以下方式实现考勤管理，避免法律风险：

   • 绩效挂钩：将考勤与绩效奖金、晋升评优等挂钩，而非直接罚款；
     
   • 警告或通报：对多次违规者进行书面警告或内部通报，作为后续处理的依据；
     
   • 补勤或调休：要求员工通过加班、调休等方式弥补缺勤时间，而非经济处罚。

温馨提示：若您所在单位存在考勤罚款情况，建议先核查单位规章制度是否经过民主程序制定、是否公示，以及罚款是否符合地方性法规的授权范围。如有疑问，可直接向我咨询具体细节，我会结合您所在地区的相关规定进一步分析。