单位将年休假清零通常不合法，以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《职工带薪年休假条例》的相关规定，年休假是劳动者依法享有的权利，用人单位应当保障劳动者享受年休假。具体条款如下：
- 第二条：机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 第五条：单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。
二、年休假清零的合法性分析
年休假不可随意清零：
- 年休假是劳动者的法定权益，用人单位无权单方面决定将其清零。
- 即使劳动合同或公司规章制度中有相关规定，若这些规定违反了法律法规的强制性规定，也是无效的。
特殊情况下的处理：
- 如果用人单位确实因生产、工作的特殊需要，且经过与工会和劳动者协商后，可以跨年度安排年休假。但这种情况下，也不能简单地“清零”，而是需要合理安排并支付相应的工资报酬。
- 对于离职员工，其未休完的年休假也应按照法律规定进行折算并发放未休年休假工资报酬。具体计算公式为：未休年休假工资报酬 = 日工资收入 × 未休年休假天数 × 200%（因为已经支付了正常工作期间的工资，所以只需额外支付200%的工资报酬）。
员工原因导致未休年假的情况：
- 如员工因个人原因书面提出不休年休假，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入，此时清零年假不违反劳动法。但这种情况较为特殊，且需要员工明确书面提出。
三、实际案例与警示
在实际操作中，有些用人单位可能会以“跨年清零”为由，拒绝支付劳动者未休年休假的工资报酬。然而，这种做法是违法的，并且已经有多起相关劳动争议案件得到了法院的支持，判决用人单位支付劳动者未休年休假的工资报酬。
四、建议与总结
- 用人单位：应严格遵守相关法律法规，合理安排员工年休假，确保员工的合法权益得到保障。若因特殊原因无法安排年休假，应提前与员工协商并支付相应的工资报酬。
- 劳动者：应了解自己的权利与义务，在必要时积极维护自己的合法权益。若遇到用人单位违法将年假清零的情况，首先应与单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，年休假清零是否合法取决于多种因素，包括用人单位是否履行了相应义务、员工是否同意以及是否存在特殊情况等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。