年休假过期清零的做法在一般情况下是不合法的，除非特定条件下用人单位已做合理安排而员工自愿放弃。下面我将详细为您解释这一结论：
一、法律依据与基本规定
根据《职工带薪年休假条例》第五条明确规定，年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。若单位确因工作需要不能安排职工休年休假，且经职工本人同意，可以不安排休年休假，但必须对职工应休未休的年休假天数按照其日工资收入的300%支付年休假工资报酬。
二、清零的合法性详细分析
一般情况下的不合法性：
- 年休假是职工的合法权益，单位有义务根据生产、工作情况统筹安排。
- 若单位未安排职工休年休假，也未征得职工同意跨年度安排，直接清零年休假，则侵犯了职工的合法权益。
- 单位应按照职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（其中包含正常工作期间的工资收入，实际额外支付200%）。
特殊情况下的合法性：
- 若单位已主动安排年休假，并明确告知员工具体的休假时间和安排。
- 员工因个人原因书面提出不休年休假，单位在此情况下可以只支付其正常工作期间的工资收入，并将年休假清零，此做法合法。
跨年度安排的考虑：
- 单位因生产、工作特点确需跨年度安排年休假的，应提前规划并与员工沟通。
- 跨年度安排需符合法规要求，不能随意清零未休年休假。
三、实践中的注意事项与建议
对于单位：
- 应依法安排职工年休假，确保员工的休息权益。
- 在安排年休假时，应向员工送达或明确告知休假通知及性质。
- 若因工作需要无法安排年休假，应依法支付未休年休假工资报酬。
对于员工：
- 有权了解并主张自己的年休假权益。
- 若单位未合理安排年休假或未支付未休年休假工资，员工可向劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁。
- 注意仲裁时效限制，及时主张自己的权益。
综上所述，年休假过期清零的做法需谨慎对待，单位应依法行事，员工也应了解自己的权益并适时主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。