公司未经员工同意直接清零未休年假通常是不合法的，但具体情况需根据年假性质、公司规章制度及相关法律法规综合分析。以下是对此问题的详细解答：
一、当年年假未休完的情况
一般情况下的不合法性
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位应统筹安排职工年休假，一般不跨年度安排。确有必要跨年度安排的，需经员工本人同意，可跨1个年度安排。若员工当年年假未休完，公司应尽量在当年安排休假。未经员工同意直接清零，违反法律规定。
特殊情况下的合法性
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条，若员工因个人原因书面提出不休年休假，用人单位可不安排并仅支付正常工作期间的工资。在此情况下，员工主动放弃休假权利，公司清零其未休年假合法。
二、往年年假未休完的情况
离职时未休年假清零的不合法性
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，员工离职时，公司应折算并支付未休年休假工资报酬。员工离职时，公司不得直接清零其未休年假，而应按规定折算并支付相应工资。
超过时效未主张权利的合法性争议
- 根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。若员工未休年假已超过两年且一直未主张权利，公司以超过时效为由清零可能在司法实践中得到支持。但员工若能证明曾向公司主张过权利，时效可能中断重新计算。
三、其他影响因素
年假性质
- 法定年假（根据《职工带薪年休假条例》规定）不能随意清零；福利年假（公司额外给予）的清零可能更多取决于公司规章制度和劳动合同约定。
公司规章制度
- 若公司规章制度明确规定了年假使用期限和清零规则，且不违反法律法规强制性规定，则公司在执行这些规定时可能具有合法性。否则，规章制度无效，公司不能依据其清零员工未休年假。
四、法律建议
- 员工方面：应了解自己的年假权益，并在认为权益被侵害时及时与公司沟通、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁以维护自身合法权益。
- 公司方面：应遵守相关法律法规和公司规章制度，合理安排员工年休假，避免不必要的法律纠纷。若因工作需要不能安排员工休年假，需经员工本人同意，并按照规定支付未休年休假工资报酬。
总结：公司清零员工未休年假的合法性需综合考虑多种因素。员工应了解自己的年假权益，并在认为权益被侵害时及时采取行动。公司也应遵守相关法律法规和公司规章制度，合理安排员工年休假。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。