公司年假没休第二年清零是否违法，需视具体情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法清零的情况
员工自愿放弃：
- 如果员工因个人原因（如家庭安排、个人计划等）主动向公司提出书面申请，表明自愿放弃当年年假，并且这一请求得到了公司的同意，那么公司在年底将年假清零是不违法的。这体现了员工对自身权利的处分，只要该处分行为是真实意思表示且符合法定程序，法律即予认可。
- 实例说明：如小张因个人家庭安排，主动向公司提交书面申请，表明自愿放弃当年5天年假。公司在批准其申请后将其年假清零，这种情况下公司的行为是合法的。
跨年度安排后仍未休：
- 根据《职工带薪年休假条例》，年休假一般不跨年度安排，但单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。若职工在第二年度仍未休完剩余年假，且单位已履行了相应的协商和安排义务，则清零处理可能被视为合法。
- 实例说明：如某公司因业务繁忙，经与员工协商后，决定将部分员工的年假安排在第二年年初休。若员工在第二年年初仍未休完年假，且公司已尽到安排责任，那么公司年底将剩余年假清零可能是合法的。
二、不合法清零的情况
单位未安排或未征得员工同意清零年假：
- 若单位因自身原因（如工作任务繁忙、未合理安排休假计划等）导致员工未能在当年休年假，且未经员工同意就擅自清零年假，这是不合法的。
- 法律依据：根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300％支付年休假工资报酬。这表明员工的年假是法定权利，单位不能随意剥夺且在不能安排时应给予相应报酬。
- 实例说明：如小李在公司工作，按规定享有每年5天年假，但因工作忙碌未休。若年底公司未作任何补偿就将其年假清零，这种行为违反了上述法律规定，因为单位未支付应休未休年假的工资报酬。
违反法律规定或合同约定：
- 任何违反《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规或劳动合同约定的清零行为，均属不合法。例如，劳动合同中明确规定了年假的安排和清零方式，但单位未按照合同约定执行，而是擅自清零年假，这种行为就是违法的。
三、建议与总结
- 单位应严格遵守相关法律法规：确保员工的年假权益得到保障。在安排年假时，应充分考虑员工的意愿和生产、工作的实际情况，做出合理的安排。若因特殊原因无法安排员工休年假，应依法支付相应的工资报酬。
- 员工应了解自身权利：在遇到不合法清零年假的情况时，有权要求单位进行纠正或支付相应的补偿。同时，员工也应积极与单位沟通协商，共同维护和谐的劳动关系。
综上所述，公司年假没休第二年清零是否违法，关键在于单位是否依法履行了安排年休假的义务，以及是否征得了员工的同意。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。