在店铺转让但烟证仍为原持有人所有的情况下，双方应签订一份详细的《店铺转让及烟证使用协议》，以明确各自的权利义务，避免后续纠纷。具体来说，协议中应包含以下几个核心要点：

1. 明确转让内容：

   • 详细描述店铺的基本信息，包括地址、面积、装修情况等。
   • 明确转让的资产范围，如设备、库存、装修等，并列出详细清单。
   • 特别指出烟证虽未过户，但允许受让方在协议有效期内使用，并说明使用范围和限制。

2. 烟证使用条款：

   • 明确烟证的使用期限，与店铺转让期限相一致或另行约定。
   • 规定受让方在使用烟证期间应遵守的相关法律法规，如烟草专卖法等。
   • 约定烟证的保管责任，通常应由受让方妥善保管，防止丢失或损坏。
   • 明确若因受让方原因导致烟证被吊销或受到其他处罚的，受让方应承担相应的赔偿责任。

3. 过户义务及期限：

   • 约定原持有人有义务在协议生效后的一定期限内（如几个月内）协助受让方办理烟证的过户手续。
   • 明确过户所需的具体材料、流程以及双方各自应承担的费用。
   • 若因原持有人原因导致无法按时过户的，应约定相应的违约责任，如支付违约金或赔偿损失等。

4. 违约责任：

   • 详细列出双方可能违约的情形，如未按时支付转让款、未按时办理过户手续、违反烟证使用规定等。
   • 针对每种违约情形，约定具体的违约责任，如支付违约金、赔偿损失、解除协议等。

5. 争议解决方式：

   • 约定双方在履行协议过程中发生争议的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
   • 若选择仲裁或诉讼，应明确具体的仲裁机构或法院管辖地。

6. 其他条款：

   • 包括协议的生效条件、变更和解除条件、保密条款等。
   • 可以约定协议一式几份，双方各执几份，具有同等法律效力。

示例协议条款（部分）：

“第四条 烟证使用 4.1 甲方（原持有人）同意乙方（受让方）在本协议有效期内使用甲方名下的烟证进行烟草制品的销售活动。 4.2 乙方应严格遵守国家关于烟草专卖的法律法规，不得将烟证用于非法活动或转借他人使用。 4.3 乙方应妥善保管烟证，防止丢失或损坏。如因乙方原因导致烟证丢失或损坏的，乙方应承担相应的补办费用及可能产生的法律责任。

第五条 过户义务 5.1 甲方应在本协议生效后三个月内协助乙方办理烟证的过户手续。 5.2 过户所需材料由乙方提供，甲方应积极配合提供必要的协助和证明文件。 5.3 过户费用由双方按照国家相关规定各自承担。

第六条 违约责任 6.1 如甲方未按时协助乙方办理过户手续的，每逾期一日，应向乙方支付转让款总额千分之一的违约金。 6.2 如乙方违反本协议关于烟证使用的规定的，甲方有权要求乙方立即停止违法行为，并承担由此产生的一切法律责任和损失。”

在签订协议时，建议双方务必仔细阅读协议条款，确保各自的权利义务得到明确和保障。如有需要，可以寻求专业法律人士的帮助进行协议的起草和审核。如果你在协议起草或审核过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。