结论：企业减员时，若原本选择的是“自动辞职”方式，在合同期满终止的情况下，一般不能直接改为合同期满终止的方式处理，但具体需根据劳动合同的约定、企业减员的实际原因及程序合法性等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同终止与辞职的区别
劳动合同终止：通常指的是劳动合同因法定或约定事由的出现而自然结束，如合同期满、劳动者达到法定退休年龄、用人单位被依法宣告破产等。在合同期满终止的情况下，用人单位无需支付经济补偿金（除非存在特定情形，如用人单位维持或提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的除外）。
辞职：是劳动者主动提出解除劳动合同的行为。根据《劳动合同法》的规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在辞职的情况下，除非用人单位存在过错，否则劳动者一般无权要求用人单位支付经济补偿金。
二、企业减员时的处理方式
合法减员程序：企业因经营需要减员时，应遵循合法程序，包括提前与工会或职工代表协商、制定减员方案、向劳动行政部门报告等。在减员过程中，企业应优先留用与本单位订立较长期限的固定期限劳动合同的、与本单位订立无固定期限劳动合同的以及家庭无其他就业人员且有需要扶养的老人或者未成年人的劳动者。
选择处理方式：企业减员时，可以选择与劳动者协商一致解除劳动合同、提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后解除劳动合同（即经济性裁员）等方式。若企业原本选择的是“自动辞职”方式（这实际上可能是一种不规范的表述，因为辞职通常是劳动者主动行为），但想要改为合同期满终止的方式处理，这通常是不被允许的，因为合同期满终止是劳动合同自然结束的一种情形，不能人为地“改为”合同期满终止。
三、特殊情况下的处理
劳动合同续签与终止：如果劳动合同即将期满，且企业因减员需要不再与劳动者续签劳动合同，那么企业可以在合同期满时依法终止劳动合同，并按照法律规定支付经济补偿金（如果适用）。但这种情况下，并不是“改为”合同期满终止，而是按照合同期满终止的正常程序处理。
劳动者同意变更：如果劳动者同意将原本的“自动辞职”方式变更为合同期满终止的方式，并且双方就此达成了书面协议，那么这种变更在法律上是有效的。但这种情况比较特殊，且需要劳动者的明确同意。
四、法律建议
审查劳动合同：企业应仔细审查与劳动者签订的劳动合同，明确合同期限、解除条件等条款，确保减员行为符合合同约定和法律规定。
遵循合法程序：企业在进行减员时，应严格遵循合法程序，包括与工会或职工代表协商、制定减员方案、向劳动行政部门报告等，以避免法律风险。
与劳动者协商：如果企业希望变更减员方式或处理程序，应与劳动者进行充分协商，并争取劳动者的理解和同意。在协商过程中，企业应明确告知劳动者变更后的法律后果和权益保障措施。
寻求法律帮助：如果企业在减员过程中遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业律师的帮助，以确保企业的合法权益得到保障。
最后，企业减员是一个复杂且敏感的过程，涉及劳动者的切身利益和企业的法律责任。因此，企业在处理减员问题时，应谨慎行事，确保所有行为都符合法律规定和合同约定。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。