结论：公司安排员工连续上两个月夜班是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及工时制度、加班限制及健康保障等方面。以下从不同角度详细分析：

1. 工时制度与加班限制

• 标准工时制：根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时。若公司安排夜班导致每日工作时间超过8小时或每周超过44小时，则属于加班。
• 加班限制：根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要安排加班，需与工会和劳动者协商，且每日不得超过1小时（特殊情况不超过3小时），每月不得超过36小时。若两个月夜班导致加班时间超出此限制，则违法。
• 综合计算工时制：若公司经劳动行政部门批准实行综合计算工时制，可在周期内（如周、月、季）综合计算工作时间，但平均日和周工作时间仍需符合标准。若两个月夜班导致周期内总工时超标，亦属违法。

2. 夜班津贴与健康保障

• 夜班津贴：根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者夜班（通常指当日22点至次日6点），应支付夜班津贴。若公司未支付，则违反规定。
• 健康保障：根据《职业病防治法》，用人单位需为劳动者提供符合职业卫生要求的工作环境和条件。连续两个月夜班可能影响劳动者健康，公司需采取措施（如调整班次、提供健康检查等）保障劳动者健康。若未履行此义务，可能面临行政处罚或民事赔偿。

3. 特殊行业与岗位

• 特殊行业：如交通、铁路、邮电等，因生产特点需连续作业，可经劳动行政部门批准实行不定时工作制或综合计算工时制。但即使如此，仍需保障劳动者休息权和健康权。
• 岗位特殊性：若岗位本身需夜间工作（如保安、护士等），公司需依法支付加班费或夜班津贴，并合理安排休息时间。若未履行，则违法。

4. 劳动者权益保护

• 协商权：劳动者有权拒绝公司违法安排的加班或夜班。若公司强迫劳动，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 投诉与仲裁：若公司行为违反《劳动法》《劳动合同法》等规定，劳动者可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁要求公司支付加班费、夜班津贴、赔偿金等。

建议

1. 核实工时制度：确认公司是否实行标准工时制、综合计算工时制或不定时工作制，并检查是否经劳动行政部门批准。
2. 计算加班时间：统计两个月内实际工作时间，判断是否超出法定加班限制。
3. 要求支付津贴：若公司未支付夜班津贴，可要求其补发。
4. 关注健康：若夜班影响健康，可与公司协商调整班次或提供健康检查。
5. 维权途径：若公司行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

示例：若公司实行标准工时制，安排员工每日工作10小时（含2小时夜班），每月工作26天，则每月加班时间为（10-8）×26=52小时，远超法定36小时限制，属于违法。员工可要求公司支付加班费或申请劳动仲裁。

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