针对您提出的“分居三年如何合法离婚”的问题，我可以为您详细解答。

首先，分居三年后想要离婚，您有两种主要的选择：协议离婚和诉讼离婚。

一、协议离婚

适用条件：

• 夫妻双方都自愿离婚；
• 双方对子女抚养、财产分割以及债务处理等事项都已经协商一致。

办理流程：

1. 签订离婚协议：双方需要签订一份书面的离婚协议，明确双方的权利和义务，包括子女抚养、财产分割等具体内容。
2. 共同申请：携带离婚协议、结婚证、身份证等相关证件，共同到一方户口所在地的婚姻登记机关提出离婚申请。
3. 冷静期：婚姻登记机关在受理申请后，会给予双方一个冷静期，通常是30天。在这个期间内，任何一方都有权撤回离婚申请。
4. 审查与登记：冷静期过后，如果双方仍然坚持离婚，婚姻登记机关会对离婚协议进行审查，确认无误后，会发给离婚证，从而解除婚姻关系。

注意事项：

• 协议离婚虽然相对平和、高效，但也需要双方对各项事宜达成一致，否则可能无法顺利进行。
• 分居三年的证据虽然不是协议离婚的必需条件，但在协商财产分割、子女抚养权等问题时，可能起到一定的辅助作用。

二、诉讼离婚

适用条件：

• 一方要求离婚，而另一方不同意；
• 双方虽然都同意离婚，但在子女抚养、财产分割等问题上无法达成一致；
• 分居三年可以作为夫妻感情破裂的参考因素。

办理流程：

1. 准备起诉材料：包括起诉状、结婚证、身份证、分居证明（如租房合同、居委会证明等）、财产证明、子女出生证明等相关证据。
2. 提交起诉：向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据。
3. 法院受理与审理：法院在审查起诉材料后，如果符合立案条件，会予以立案，并通知双方进行审理。在审理过程中，法院会进行调解，试图促使双方达成和解或调解协议。如果调解不成，则进行正式的审理。
4. 判决与上诉：法院根据审理查明的事实和相关法律规定，作出是否准予离婚的判决。如果一方对判决结果不服，可以在规定的时间内提起上诉。

重要提示：

• 在诉讼离婚中，分居三年的证据对于证明夫妻感情确已破裂至关重要，可能直接影响法院的判决结果。因此，您需要尽可能收集和保存好相关证据。
• 无论是协议离婚还是诉讼离婚，都需要妥善处理财产分割、子女抚养等问题。这些问题可能复杂且敏感，建议您在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到妥善保护。

综上所述，分居三年后想要离婚，您可以选择协议离婚或诉讼离婚两种方式。在选择时，请根据自身实际情况和法律程序要求进行决策，并充分准备相关证据和材料以确保自身权益。希望这些解答能对您有所帮助。