分居三年并不能自动解除婚姻关系。在我国，解除婚姻关系的合法途径仅有协议离婚和诉讼离婚两种。

1. 协议离婚：

   • 夫妻双方如自愿离婚，应签订书面离婚协议，明确双方对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
   • 双方需亲自到婚姻登记机关申请离婚登记，经过三十天的冷静期后，若双方仍然坚持离婚，婚姻登记机关将发给离婚证，至此婚姻关系正式解除。

2. 诉讼离婚：

   • 当一方不同意离婚或双方无法就离婚事宜达成一致时，另一方可以向法院提起离婚诉讼。
   • 在诉讼离婚中，法院会审理双方的感情状况、分居原因及时间等因素，特别是因感情不和分居满两年的情况，会作为判断夫妻感情是否破裂的重要参考。
   • 若法院认定夫妻感情确已破裂，且调解无效，将会判决准予离婚。

重要的是，分居必须是因感情不和导致的，且当事人需要提供充分的证据来证明分居的事实以及分居的原因，如分居协议、租房合同、居委会证明、证人证言等。仅仅因为工作、学习等其他非感情不和原因导致的分居，即便时间超过三年，也不一定能获得法院的离婚判决。

因此，如果夫妻双方已经分居三年，且有意向解除婚姻关系，建议首先尝试通过协商达成协议离婚。若协商不成，则可以向法院提起诉讼离婚，并准备充分的证据来证明夫妻感情确已破裂。无论采取哪种方式，都必须遵循法定的程序和条件，才能合法地解除婚姻关系。