结论前置：搬迁签完协议后发现合法权益受损，是可以向人民法院起诉的，但具体能否胜诉以及后续的处理方式，需根据协议内容、受损权益的性质及具体情况来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、协议效力与起诉基础

1. 协议合法性：首先，需要确认搬迁协议是否合法有效。如果协议是在双方自愿、平等、公平的基础上签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的。在此情况下，如果一方认为自己的合法权益受损，仍然有权向法院提起诉讼，但需提供充分证据证明权益受损的事实及与协议之间的关联性。

2. 起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉需满足原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖等条件。因此，在提起诉讼前，应确保自己符合这些起诉条件。

二、合法权益受损的认定与处理

1. 权益受损类型：合法权益受损可能涉及多个方面，如财产权益、人身权益等。在搬迁协议中，常见的权益受损可能包括房屋补偿不足、搬迁费用未支付、安置房未落实等。对于不同类型的权益受损，需采取不同的处理方式。

2. 证据收集：在提起诉讼前，应充分收集证据以证明自己的合法权益受损。这可能包括搬迁协议、相关政府部门文件、评估报告、照片、视频等。证据的充分性和真实性对于胜诉至关重要。

3. 诉讼策略：根据权益受损的具体情况，可以制定不同的诉讼策略。例如，如果认为协议存在欺诈、胁迫等情形，可以请求法院撤销或变更协议；如果认为协议内容显失公平，可以请求法院调整协议内容；如果认为对方未履行协议义务，可以请求法院判决对方履行义务并赔偿损失等。

三、特殊情况下的处理

1. 行政协议与民事协议：如果搬迁协议涉及行政机关与公民、法人或其他组织之间的行政法律关系，那么该协议可能属于行政协议范畴。在此情况下，可能需要先通过行政复议或行政诉讼等途径解决争议。但具体是否属于行政协议，需根据协议内容、签订主体及目的等因素综合判断。

2. 诉讼时效：需要注意的是，提起诉讼还需关注诉讼时效问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，在发现合法权益受损后，应及时提起诉讼以避免超过诉讼时效。

法律建议：

• 在签订搬迁协议前，务必仔细阅读协议内容，确保自己的合法权益得到充分保障。
• 如发现协议存在问题或合法权益受损，应及时咨询专业律师并收集相关证据。
• 根据具体情况制定合适的诉讼策略，并在诉讼时效内提起诉讼以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果你已经签订了搬迁协议并发现合法权益受损，建议立即停止与对方的进一步协商（除非协商有利于你），并尽快咨询我以获取更具体的法律建议。
• 在咨询时，请提供搬迁协议、相关政府部门文件、评估报告等所有相关证据材料，以便我能更准确地评估你的情况并提供针对性的法律建议。