拆迁协议签订后发现不合理，不能直接向法院“起诉”要求撤销或修改协议，但可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自身权益。同时，向政府信访部门和上级政府部门反映问题也是有效的辅助手段。以下是对这些途径的详细解释：
一、行政复议
复议机关选择：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，若对区、县房屋征收部门（属于区、县人民政府工作部门）作出的补偿决定不服，可向区、县人民政府申请行政复议；
- 若对区、县人民政府作出的房屋征收决定不服，则可向市人民政府申请行政复议。
复议流程：
- 准备复议材料，包括行政复议申请书、身份证明、相关证据材料等；
- 将复议材料提交给确定的复议机关；
- 复议机关会在收到申请后进行审查，并在规定时间内作出复议决定。
二、行政诉讼
管辖法院确定：
- 通常，对拆迁相关行政行为提起的诉讼，由最初作出行政行为的行政机关所在地的基层人民法院管辖；
- 对国务院部门或县级以上地方人民政府的行政行为提起诉讼的案件，由中级人民法院管辖。
诉讼流程：
- 准备起诉材料，包括行政起诉状、身份证明、相关证据材料等；
- 将起诉材料提交给有管辖权的人民法院；
- 法院会对案件进行审理，并根据事实和法律规定作出判决。
法律依据：
- 根据《行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为行政机关及其工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权向法院提起诉讼。
提起诉讼与申请复议的时限：
- 直接提起行政诉讼的，应自知道或应当知道行政行为之日起六个月内提出；
- 经过复议后再起诉的，应在收到复议决定书之日起十五日内向法院提起诉讼；
- 若复议机关逾期不作决定，申请人可在复议期满之日起十五日内向法院提起诉讼。
三、其他寻求帮助的部门
政府信访部门：
- 作为反映问题的渠道之一，被拆迁人可向当地政府的信访部门提交书面材料，详细陈述拆迁中的不合理问题；
- 信访部门会转交问题给责任部门处理，并督促答复。
上级政府部门：
- 被拆迁人可向当地政府的上级政府部门反映拆迁问题；
- 上级政府部门有权监督和检查下级政府工作，在收到反映后会进行调查处理，要求下级政府部门解释或整改。
四、特别提醒
- 协商优先：在发现拆迁不合理后，可以尝试与拆迁方进行协商，表达自己对拆迁方案和补偿标准的异议，并寻求双方都能接受的解决方案。这是解决问题最直接、成本最低的方式。
- 证据保留：在整个过程中，务必保留好所有与拆迁相关的文件、沟通记录等证据，以备后续需要。
- 专业帮助：如果觉得自己处理起来比较困难或复杂，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具体和准确的法律建议。
面对拆迁不合理的情况，被拆迁人应首先明确不能通过直接“起诉”方式解决，而应依法通过行政复议或行政诉讼来维护权益。同时，利用政府信访部门和上级政府部门作为辅助手段，以全面、有效地保护自己的合法权益。