针对您提出的“由实施单位签订的拆迁协议起诉谁”的问题，以下是我的分析：
首先，我们需要明确拆迁协议中的实施单位具体指的是谁，以及其在拆迁过程中的角色和职责。实施单位可能是拆迁部门、受拆迁部门委托的拆迁公司，或者是开发商等。
如果实施单位是拆迁部门：
- 起诉对象通常是拆迁部门。拆迁部门作为行政机关，在合同履行中具有相应的职责和义务。如果拆迁部门未按照协议履行其职责，您可以直接起诉拆迁部门。
如果实施单位是受拆迁部门委托的拆迁公司：
- 您可以将拆迁公司和拆迁部门列为共同被告。因为拆迁公司在委托范围内的行为后果可能由委托方（拆迁部门）承担，同时拆迁公司自身也可能存在违约等情况。这样起诉可以确保您的权益得到全面维护。
如果实施单位是开发商：
- 在一些商业开发项目中，开发商可能直接与您签订拆迁协议。此时，您可以直接起诉开发商。开发商作为合同相对方，对合同的履行负有责任。
涉及多个主体的情况：
- 在某些复杂情况下，可能涉及多个主体共同参与拆迁及合同签订，比如既有拆迁部门又有开发商等多方合作。此时，您需要综合分析各方在合同中的地位和实际履行情况，确定合适的被告主体。要仔细审查合同条款、相关文件以及各方实际行为，准确判断应起诉的对象。
综上所述，起诉谁取决于拆迁协议中的实施单位是谁，以及其在拆迁过程中的角色和职责。在确定起诉对象时，建议您仔细审查拆迁协议及相关文件，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何进一步的问题或需要详细的法律帮助，请直接向我咨询。