在已征收土地拆迁协议纠纷中，起诉对象需根据具体情况来确定，以下是详细分析：
一、政府行政机关为拆迁方的情况
国有土地上房屋征收
- 法律依据：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，若市、县级人民政府或其确定的房屋征收部门作出房屋征收决定、补偿决定等行政行为，或被指控违法强拆，被征收人可将其作为被告提起行政诉讼。
- 实例说明：如某市政府发布房屋征收决定，你认为该决定不符合公共利益，提起诉讼时，该市政府即为被告。
集体土地征收
- 法律依据：在集体土地征收中，若省级人民政府或国务院作出土地征收批准行为，而你对征地批复不服，通常应以作出批复的机关为被告（注意：国务院作出的征地批复需通过特定程序处理）。若对征地过程中的补偿安置方案、责令交出土地决定等不满，应以作出这些行政行为的市、县人民政府或其土地行政主管部门为被告。
- 实例说明：如某县国土资源局责令你交出被征收土地，你不服并提起诉讼，则该县国土资源局为被告。
委托实施拆迁
- 法律依据：若房屋征收部门委托房屋征收实施单位进行拆迁工作，且该单位以委托机关名义实施征收行为，你对其实施的行为不服时，应以委托的房屋征收部门为被告。
- 实例说明：某市房屋征收部门委托某拆迁公司进行拆迁，拆迁公司采取不当手段迫使你搬迁，提起诉讼时，该市房屋征收部门为被告。
多个行政机关共同作出行政行为
- 法律依据：当两个以上行政机关联合执法、共同作出拆迁相关决定时，应以这些共同作出行政行为的行政机关为共同被告。
- 实例说明：某市住建局、城管局和街道办事处共同决定强制拆除你的房屋，你提起诉讼时，这三家单位为共同被告。
二、商业实体为拆迁方的情况
- 法律依据：若拆迁工作由开发商等商业实体进行，且在拆迁补偿、安置等方面与你存在争议，你可选择起诉这些商业实体。此时，民事诉讼可能更为适用。
- 实例说明：某开发商负责某区域的拆迁工作，因补偿问题与你产生争议，你可直接起诉该开发商。
三、诉讼准备与注意事项
收集证据
- 核心证据：拆迁协议原件或复印件，证明双方权利义务关系。
- 权属证明：土地使用证、房产证等，证明你对被拆迁物的合法权益。
- 补偿方案：拆迁补偿的标准和方式的相关文件。
- 沟通记录：与拆迁方的谈判记录、邮件、短信等，证明协商过程。
- 视听资料：照片、视频等，记录拆迁前后的状况及拆迁过程。
撰写起诉状
- 起诉状内容：包括原告、被告的基本信息，诉讼请求，事实与理由，以及证据清单。
- 提交材料：将起诉状及相关证据材料一并提交给有管辖权的人民法院，并按被告人数提供副本。
参与庭审与等待判决
- 庭审过程：遵守法庭纪律，按法官指引进行陈述、举证、质证和辩论。
- 判决结果：庭审结束后，法院会作出判决。如对判决不服，可在规定期限内提起上诉。
- 执行申请：判决生效后，如对方不履行判决义务，可向法院申请强制执行。
在处理已征收土地拆迁协议纠纷时，务必根据具体情况确定起诉对象，并准备充分的证据材料。 如果你在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。