结论：拆迁协议已签，后来发现有问题仍然可以起诉，但具体能否胜诉以及起诉的时机和理由需要根据实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、可以起诉的情形

1. 合同效力问题：

   • 如果拆迁协议存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形，导致协议内容并非当事人真实意思表示，或者违反了法律法规的强制性规定，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。在此情况下，当事人有权向法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销部分条款。
   • 举例：若被拆迁人在签订协议时，对补偿金额存在重大误解，或者拆迁人利用优势地位迫使被拆迁人接受不公平的补偿条件，被拆迁人均可提起诉讼。

2. 合同履行问题：

   • 即使拆迁协议有效，如果一方在履行过程中存在违约行为，如未按照约定支付补偿款、交付安置房等，另一方也有权向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。
   • 举例：拆迁人未按协议约定时间支付补偿款，被拆迁人可以起诉要求拆迁人支付补偿款及逾期利息。

3. 新情况出现：

   • 在拆迁协议签订后，如果出现新的情况或证据，足以影响协议的履行或导致协议目的无法实现，当事人也可以考虑通过法律途径解决争议。
   • 举例：协议签订后，发现拆迁范围扩大，涉及更多房屋或土地，导致原协议补偿标准明显不合理，此时可以起诉要求调整补偿标准。

二、起诉的注意事项

1. 诉讼时效：

   • 当事人需要注意诉讼时效的问题。一般来说，因合同纠纷提起的诉讼，其诉讼时效期间为三年。因此，如果发现拆迁协议存在问题或对方存在违约行为，应及时向法院提起诉讼，以免错过诉讼时效。

2. 证据收集：

   • 在提起诉讼前，当事人应尽可能收集相关证据，以支持自己的主张。这些证据可能包括拆迁协议文本、双方沟通记录、现场照片、视频资料、评估报告等。
   • 举例：若认为补偿标准过低，可以收集周边类似房屋的成交价格、评估报告等证据，以证明补偿标准的不合理性。

3. 法律程序：

   • 起诉前应了解并遵循法律程序，包括准备起诉状、提交证据材料、缴纳诉讼费用、参与庭审等。
   • 具体流程：
     1. 准备起诉状，详细说明诉讼请求、事实和理由。
     2. 向有管辖权的法院提交起诉状和相关证据材料，并缴纳诉讼费用。
     3. 参与庭审，陈述自己的观点和理由，并提供证据支持自己的主张。
     4. 等待法院判决，并根据判决结果采取相应的法律措施。

三、特殊情况下的处理

• 行政机关不依法履行协议：

  • 在国有土地上房屋征收项目中，政府作为征收主体与被征收人签订的拆迁补偿协议具有行政协议属性。若政府部门不依法履行、未按照约定履行或违法变更、解除协议，被征收人有权提起行政诉讼，要求行政机关承担责任。

• 对行政机关变更/解除协议的合法性有争议：

  • 行政机关可能基于公共利益、法律法规政策调整等原因变更或解除拆迁协议。若被拆迁人认为该行为违法并侵犯其合法权益，可通过行政诉讼由法院审查行政机关行为的合法性与合理性。

总结与建议：拆迁协议签订后，若发现问题或争议，应及时咨询专业律师（即向我咨询），了解自身权利和维权途径。在处理拆迁协议相关纠纷时，应根据具体情况选择适当的法律途径进行维权，如提起民事诉讼或行政诉讼。同时，注意诉讼时效和证据收集，以确保自身权益得到有效保障。