结论：公司以员工旷工为由，声称其严重违反公司规章制度并解除劳动合同，这一行为是否合法，需结合具体情况和法律规定综合判断。若公司规章制度合法有效、旷工事实明确且解除程序合规，则解除行为合法；反之，则可能构成违法解除。以下从多个角度详细分析：

一、公司规章制度需合法有效

1. 规章制度制定程序：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，公司的规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会讨论、全体职工或职工代表协商等，并向劳动者公示或告知。
   • 示例：若公司《员工手册》中明确规定了旷工的定义、后果及解除劳动关系的程序，且该手册经过职工代表大会通过并全员发放，则规章制度合法有效。

2. 规章制度内容合法性：

   • 规章制度中的内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得将轻微迟到直接定义为旷工并解除劳动合同。
   • 示例：若公司规定“迟到10分钟即算旷工”，这一规定可能因过于严苛而被认定为不合理，从而失去对劳动者的约束力。

二、旷工事实需明确且达到严重程度

1. 旷工事实认定：

   • 公司需提供充分的证据证明员工存在旷工行为，如考勤记录、监控录像、证人证言等。
   • 示例：若员工因病住院未能及时请假，公司仅凭考勤记录认定旷工并解除劳动合同，后员工提供住院证明，则公司解除行为违法。

2. 旷工严重程度：

   • 规章制度中应明确旷工达到何种程度构成严重违反规章制度，如连续旷工多日或累计旷工达到一定天数。
   • 示例：若公司规定“连续旷工3天或累计旷工5天以上属于严重违纪”，则员工若达到这一标准，公司有权解除劳动合同。

三、解除程序需合规

1. 通知工会程序：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十三条，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。若公司未履行此程序，即使其他条件满足，解除行为也可能因程序瑕疵而被认定为违法。
   • 示例：公司在解除劳动合同前未通知工会，员工事后以程序违法为由主张解除行为无效，法院可能支持员工的诉求。

2. 听取申辩与出具解除证明：

   • 公司在解除劳动合同前，应给予员工申辩的机会，并出具解除劳动合同的证明。
   • 示例：公司在未听取员工申辩的情况下直接解除劳动合同，员工可能以程序违法为由主张解除行为无效。

四、特殊情况下的解除合法性

1. 不可抗力等正当理由：

   • 若劳动者旷工系由不可抗力导致，如自然灾害、突发社会事件等，公司不能简单以旷工为由解除劳动合同。
   • 示例：地震导致员工无法返回工作岗位也无法请假，公司未考虑不可抗力因素而解除劳动合同，属违法行为。

2. 员工存在合理解释：

   • 若员工对旷工行为存在合理解释，如因紧急事务处理、家庭突发情况等，公司应酌情考虑并给予机会解释。
   • 示例：员工因家中突发急事未能及时请假而旷工，公司若直接解除劳动合同可能因未考虑员工实际情况而被认定为违法。

五、法律后果与风险防范

1. 法律后果：

   • 若公司解除行为合法，则无需支付赔偿金或经济补偿金；若违法解除，则需恢复劳动关系或支付赔偿金（经济补偿金×2）。
   • 示例：员工因旷工被公司违法解除劳动合同，员工要求公司支付赔偿金，法院可能支持员工的诉求。

2. 风险防范建议：

   • 公司应完善规章制度建设，确保规章制度合法有效并公示；
   • 细化违纪标准，明确“严重违反”的具体情形及量化指标；
   • 规范处理程序，留存书面证据并履行通知工会义务；
   • 加强证据管理，如安装监控设备、要求员工签字确认违纪事实等。

总结与建议：公司以员工旷工为由解除劳动合同的合法性取决于多个因素的综合考量。为确保解除行为的合法性，公司应完善规章制度、明确旷工标准、规范解除程序并加强证据管理。若您作为员工遇到此类情况，建议及时咨询专业律师（即我本人），了解自身权益并寻求法律帮助。