挂靠公司的停运损失能否索赔，需视具体情况而定，并非绝对不能索赔。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律关系与责任主体
挂靠关系本质：挂靠通常指个人或单位（挂靠方）以另一有资质的单位（被挂靠方，即挂靠公司）的名义从事经营活动。在此关系中，挂靠方与被挂靠方之间往往存在内部协议，约定双方的权利义务。
责任主体确定：在对外关系上，被挂靠方（挂靠公司）通常被视为责任主体，因为其以自身名义从事经营活动。然而，在内部关系上，若停运损失是由挂靠方的过错导致，被挂靠方在承担责任后，有权依据内部协议向挂靠方追偿。
二、停运损失索赔的法律依据
合同关系：若挂靠方与第三方（如客户、供应商）之间存在合同关系，且因挂靠公司的原因（如停业、整顿等）导致合同无法履行，挂靠方或第三方有权依据合同条款索赔停运损失。此时，若挂靠公司被认定为责任主体，则需承担相应的赔偿责任。
侵权关系：若停运损失是由挂靠公司的过错行为（如违法经营、安全事故等）导致，且该行为侵犯了挂靠方或第三方的合法权益，则受损害方有权依据侵权责任法索赔停运损失。
三、索赔的难点与注意事项
证据收集：索赔停运损失的关键在于证明损失的存在及其与挂靠公司行为的因果关系。因此，挂靠方或第三方需收集充分的证据，如合同、交易记录、停运通知、损失计算依据等。
内部协议约定：挂靠方与被挂靠方之间的内部协议对双方的权利义务具有重要约束力。若协议中明确约定了停运损失的承担方式，则双方应依据协议履行。因此，在签订内部协议时，应明确约定相关条款，以避免后续纠纷。
诉讼时效：根据法律规定，索赔停运损失的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，挂靠方或第三方应在诉讼时效期间内及时行使索赔权利。
四、实际操作建议
协商解决：在发生停运损失后，挂靠方与被挂靠方应首先尝试通过协商解决纠纷。双方可以依据内部协议和实际情况，协商确定损失的承担方式和金额。
法律途径：若协商无果，挂靠方或第三方可以通过法律途径索赔停运损失。在此过程中，建议寻求专业律师的帮助，以确保索赔的合法性和有效性。
总结来说，挂靠公司的停运损失能否索赔取决于具体的法律关系、责任主体以及证据收集情况。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更详细的法律建议。