结论：电动三轮车在司法鉴定中被认定为机动车，但法院判决不属于机动车的情况，可能存在合理依据，但需结合具体证据和法律规定综合判断。以下从不同角度分析可能的原因及法律依据：
1. 司法鉴定与法院判决的依据差异
- 司法鉴定依据：
司法鉴定通常依据《机动车运行安全技术条件》（GB 7258-2017）等国家标准，从车辆的动力、速度、重量、结构等技术参数判定是否属于机动车。例如，若电动三轮车设计时速超过20公里、整车质量超过40公斤，或具备三个以上车轮且由动力驱动，则可能被鉴定为机动车。
- 法院判决依据：
法院判决需综合全案证据，包括但不限于司法鉴定意见、车辆实际使用情况、地方性法规等。若法院认为鉴定意见存在瑕疵（如鉴定程序违法、依据不足），或车辆实际不符合机动车管理条件（如未纳入工信部《道路机动车辆生产企业及产品公告》目录），可能不采纳鉴定结论。
2. 地方性法规的特殊规定
- 部分地区对电动三轮车的分类：
某些地方性法规可能对电动三轮车作出特殊规定，例如：
- 将其归类为“非机动车”或“特殊车辆”，要求登记但无需驾驶证；
- 禁止上路或限制行驶区域、时段；
- 要求符合特定技术标准（如时速、电池容量）方可上路。
若法院判决依据的是地方性法规的特殊规定，则可能推翻司法鉴定的机动车属性认定。
3. 车辆合规性与管理政策
- 车辆合规性：
即使电动三轮车技术上符合机动车标准，若其未通过工信部认证、未列入《公告》目录，或存在非法改装、拼装情形，可能被认定为“非法机动车”或“禁止上路车辆”。此时法院可能以“车辆不具备合法上路资格”为由，不认定其为法律意义上的机动车。
- 管理政策差异：
部分地区对电动三轮车采取“过渡期管理”或“临时登记”政策，允许其在特定条件下上路。若车辆符合当地政策要求，法院可能不严格按机动车标准判决。
4. 法律适用与举证责任
- 法律适用：
法院需根据《道路交通安全法》及地方性法规综合判断。若鉴定意见与法律适用存在冲突（如鉴定依据的标准与地方性法规不一致），法院可能优先适用地方性法规。
- 举证责任：
若一方对鉴定意见提出异议并提交反证（如车辆实际参数与鉴定结论不符），法院可能要求重新鉴定或采纳反证，从而影响判决结果。
建议与风险提示
核查鉴定意见与判决依据：
若您对判决结果有异议，可要求法院出具书面判决理由，重点核查：
- 鉴定意见是否被依法采纳；
- 法院是否援引了地方性法规或特殊政策；
- 车辆是否符合机动车管理条件（如登记、牌照、驾驶证等）。
咨询专业律师进行个案分析：
电动三轮车的属性认定涉及技术标准、地方政策、法律适用等多重因素，需结合具体证据和案情综合判断。若您需要进一步分析，可直接向我咨询，我会根据您的案件细节提供针对性建议。
注意地方政策差异：
不同地区对电动三轮车的管理政策可能截然不同，使用前务必了解当地规定，避免因违规上路承担法律责任（如罚款、扣车、交通事故全责等）。
总结：法院判决与司法鉴定结论不一致，可能是因法律适用、地方政策或证据瑕疵导致。若您认为判决有误，可通过上诉或申请再审维护权益，但需充分准备证据和法律依据。如有疑问，欢迎随时向我咨询。