结论：人流休假期间公司是否扣工资，需根据休假性质（病假或事假）及公司规章制度综合判断，但公司不得以“事假”为由直接扣除全额工资。以下从法律和实务角度详细说明：

一、休假性质决定工资支付标准

根据《女职工劳动保护特别规定》第七条及地方性法规（如《江苏省女职工劳动保护特别规定》第十二条），女职工因人流需休假的，法律上视为病假，而非事假。具体规则如下：

1. 病假工资支付
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第五条，病假期间工资不得低于当地最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资为2280元/月，则病假工资至少为：
   $\(2280 \times 80\% = 1824\text{元/月}\)$
   若公司规章制度或劳动合同中约定的病假工资高于此标准，则按约定执行。

2. 事假工资扣除限制
   若公司强行将人流休假认定为事假，根据《工资支付暂行规定》第十六条，事假期间工资可扣除，但每日扣除额不得超过劳动者日工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，若劳动者日工资为200元，则单日最多扣除：
   $\(200 \times 20\% = 40\text{元}\)\( 若月事假3天，则最多扣除： \)\(40 \times 3 = 120\text{元}\)\( 且扣除后工资需满足： \)\(\text{月工资} - 120 \geq 1824\text{元}\)$
   （以最低工资标准为基准计算）

二、公司规章制度需合法合规

1. 制度内容合法性
   公司若在规章制度中规定“人流休假按事假处理”，需满足以下条件：

   • 制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
     
   • 已向劳动者公示或告知；
     
   • 内容不违反法律强制性规定（如不得低于最低工资标准）。
     若制度未满足上述条件，则对劳动者不产生约束力，公司仍需按病假支付工资。

2. 实务建议
   劳动者可要求公司出具书面休假性质认定文件。若公司拒绝按病假支付工资，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁主张工资差额。

三、特殊情形：流产假期天数与工资关联

根据《女职工劳动保护特别规定》第七条，流产假期天数根据怀孕时间确定：

• 怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；
  
• 怀孕满4个月流产的，享受42天产假。
  产假期间工资支付：
  若劳动者已参加生育保险，由生育保险基金支付生育津贴（标准为用人单位上年度职工月平均工资）；若未参保，则由用人单位按产假前工资标准支付。
  注意：此处“产假”与“病假”性质不同，但实务中部分公司可能混淆。若公司以“流产非生育”为由拒绝支付生育津贴，劳动者可主张按病假工资标准补足差额。

四、行动建议

1. 劳动者：
   
   • 保留医疗证明、休假申请单等证据；
     
   • 核对公司规章制度是否合法；
     
   • 若工资被扣，可先与公司协商，协商不成可申请劳动仲裁。
     
2. 公司：
   
   • 完善休假制度，明确人流休假性质；
     
   • 依法支付工资，避免因违法扣除引发纠纷。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细解答。