针对您提出的“在工厂违规操作导致机器烧坏怎么赔偿”的问题，这实际上涉及到了两个层面的责任与赔偿：一是工厂对员工的责任与赔偿（若员工因此受伤），二是员工或工厂对机器损坏的责任与赔偿。由于您的问题更侧重于机器损坏的赔偿，我将主要围绕这一点进行解答，同时简要提及员工受伤的赔偿情况。
一、机器损坏的赔偿
责任认定：
- 首先，需要明确的是，违规操作导致机器烧坏，员工通常需要承担一定的责任。这种责任可能基于劳动合同、工厂规章制度或相关法律法规。
- 工厂方面，如果其提供了必要的培训、安全指导和防护措施，且机器本身不存在质量问题或安全隐患，那么员工可能需要承担主要或全部责任。
赔偿方式：
- 直接赔偿：员工可能需要直接赔偿机器损坏的修复费用或更换费用。这通常取决于机器的损坏程度、修复成本以及工厂的相关规定。
- 工资扣除：在某些情况下，工厂可能会从员工的工资中扣除一定金额作为赔偿。但这种方式需要遵守当地的劳动法律法规，确保扣除的金额合理且不超过法定限额。
- 保险赔偿：如果工厂为机器购买了保险，且保险条款覆盖了因员工违规操作导致的损坏，那么工厂可以向保险公司申请赔偿。
协商与调解：
- 在确定赔偿方式和金额时，建议员工与工厂进行协商，以达成双方都能接受的解决方案。
- 如果协商不成，可以寻求第三方调解机构的帮助，如劳动争议调解委员会等。
二、员工受伤的赔偿（若适用）
虽然您的问题主要关注机器损坏的赔偿，但如果员工在违规操作过程中受伤，工厂也需要承担相应的赔偿责任。这通常包括：
- 医疗费用：包括因受伤而产生的所有合理且必要的治疗费用。
- 误工费：因受伤导致无法正常工作而造成的收入损失。
- 护理费：在治疗和康复期间，因生活不能自理而需要他人护理所产生的费用。
- 其他费用：如营养费、交通费等，根据实际情况进行合理赔偿。
三、建议与流程
- 及时报告：员工在发生违规操作导致机器损坏或自身受伤后，应立即向工厂报告，并配合工厂进行调查和处理。
- 保留证据：员工应保留与事故相关的所有证据，如照片、视频、证人证言等，以便在需要时提供证明。
- 遵循流程：按照工厂的规章制度和当地的法律法规，遵循工伤认定、劳动能力鉴定（如适用）、协商赔偿、仲裁或诉讼等流程进行处理。
四、法律依据
- 主要依据《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国工伤保险条例》及相关法律法规。这些法规规定了员工与工厂之间的权利义务关系、工伤认定的程序、劳动能力鉴定的标准以及工伤保险待遇的支付方式和标准等内容。
综上所述，对于违规操作导致机器烧坏的赔偿问题，员工和工厂应根据实际情况进行责任认定，并协商确定合理的赔偿方式和金额。如果员工因此受伤，工厂也需要承担相应的赔偿责任。在处理过程中，建议遵循相关法律法规和工厂的规章制度，以确保双方的权益得到保障。