违章建筑的买卖合同通常会被认定为无效。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际考量：
一、法律层面的分析
违章建筑的定义与性质：
- 违章建筑是指未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物。这类建筑因违反了《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规的强制性规定，在法律上不被认可，且可能面临被拆除的风险。
合同效力的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。违章建筑的建设行为违反了相关法律法规，因此基于违章建筑签订的买卖合同也因违反法律强制性规定而无效。
- 同时，根据《城市房地产管理法》的规定，未依法登记领取权属证书的房地产不得转让。违章建筑因未取得合法产权证明，无法办理过户手续，买方无法获得该建筑物的合法所有权，因此违章建筑的买卖合同无效。
二、特殊情况下的考量
- 补办手续后的合同效力：在司法实践中，如果在一审法庭辩论终结前，违章建筑人依法补办了相关审批手续，使违章建筑转化为合法建筑，此时违章建筑的买卖合同可被认定为有效。这是因为补办手续后，建筑物的违法性得以消除，合同内容不再违反法律强制性规定，从而具备了法律效力。但这种情况相对特殊，且需要满足一定的条件。
三、合同无效后的处理
返还财产：
- 卖方应返还买方已支付的购房款，无论全额还是部分。
- 买方应将违章建筑返还给卖方，且一般无需支付使用费用，因合同无效，卖方无权通过出售违章建筑获取利益。
折价补偿：
- 若存在不能返还或没有必要返还的情况（如买方对违章建筑进行了装修、添附等），需进行折价补偿。
- 卖方应给予买方相应的折价补偿，以弥补买方因添附等行为导致的建筑价值增加。
赔偿损失：
- 认定原则：有过错的一方应赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应各自承担相应的责任。
- 常见情形：卖方明知是违章建筑仍出售，买方在购买时未对房屋合法性进行充分审查。双方需根据各自过错程度分担损失，包括但不限于税费、装修费用、预期利益损失及资金占用损失等。
四、实际操作中的建议与风险
避免购买或出售违章建筑：
- 鉴于违章建筑的买卖合同一般应认定为无效，且可能引发不必要的法律纠纷和经济损失，建议在实际操作中避免购买或出售违章建筑。
谨慎审查相关证件和手续：
- 在购买房产时，务必谨慎审查相关证件和手续，确保所购买的房产是合法合规的。这包括但不限于查验建设工程规划许可证、房屋所有权证书等关键文件。
及时寻求法律帮助：
- 如已涉及违章建筑买卖合同的情况，应及时向我咨询，寻求合法的解决方案。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。
总结来说，违章建筑的买卖合同因其违反法律法规的强制性规定，通常会被认定为无效合同。在涉及此类交易时，应谨慎行事，并尽早寻求法律帮助以维护自身合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。