档案里没有转正申请书，首先不必过于担心，这并不意味着无法确认你的转正状态或影响你的合法权益，具体处理方式需结合实际情况来看：
确认转正事实与程序
- 先确认自己是否已经实际完成了转正程序，包括是否通过了转正考核、是否收到了正式的转正通知等。如果实际上已经转正，只是档案中缺少了转正申请书这一书面材料，那么这更多是一个档案管理上的瑕疵，而非实质性的法律问题。
- 如果尚未完成转正程序或存在争议，那么需要进一步了解公司的转正流程和规定，以及自己是否符合转正的条件。
与用人单位沟通
- 补交或补办申请书：如果确认自己已经转正，但档案中缺少转正申请书，可以与用人单位的人力资源部门或档案管理部门沟通，说明情况并请求补交或补办一份转正申请书，以便完善档案。
- 确认转正状态：如果尚未转正或存在争议，可以与用人单位沟通，了解转正的具体进展和原因，以及是否需要补充其他材料或满足其他条件才能转正。
了解法律后果与权益
- 劳动合同法规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。转正作为劳动关系中的一个重要环节，虽然不一定需要单独的书面合同或申请书来确认，但应当有明确的记录和证据。
- 权益保障：如果因为档案中缺少转正申请书而影响了自己的合法权益（如工资、福利、晋升等），可以依据相关法律法规和劳动合同与用人单位进行协商或寻求法律救济。
寻求法律帮助（如需）
- 如果与用人单位的沟通未能解决问题，或者你认为自己的合法权益受到了侵害，可以寻求专业的法律帮助。我可以根据你的具体情况，为你提供详细的法律建议和指导，帮助你维护自己的合法权益。