物流公司收取制单费是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
合同约定角度：
- 如果物流服务合同中明确约定了制单费作为服务费用的一部分，且该费用合理、透明，没有违反相关法律法规的强制性规定，那么物流公司收取制单费是合法的。
- 反之，如果合同中没有明确约定制单费，或者约定不明确，物流公司擅自收取制单费可能构成违约或不当得利，此时收取制单费则可能不合法。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，合同双方应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。如果制单费的收取违反了公平原则，或者物流公司利用优势地位强制收取制单费，可能构成不公平交易行为，此时收取制单费可能不合法。
- 另外，如果物流公司收取的制单费属于乱收费、重复收费等违法行为，如未经批准擅自设立收费项目、提高收费标准等，那么这种收取行为显然是不合法的。
实际操作角度：
- 在实际操作中，物流公司收取制单费的情况并不罕见。一些物流公司为了提供更全面、更专业的服务，会额外收取制单费以覆盖相关成本。然而，这并不意味着所有物流公司收取制单费都是合法的。关键在于是否符合合同约定和法律法规的规定。
- 如果您作为消费者或客户对物流公司收取的制单费有疑问或不满，建议您首先查阅物流服务合同中的相关条款，了解制单费的收取依据和标准。如果合同中没有明确约定或您认为收取行为不合法，您可以与物流公司进行协商，要求其提供合理的解释或调整收费标准。如果协商无果，您可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
建议：
- 在签订物流服务合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于费用收取的部分，确保自己了解并同意所有费用项目。
- 如果对物流公司收取的制单费有疑问或不满，及时与物流公司沟通并寻求解决方案。
- 如遇无法解决的问题或认为物流公司的收费行为不合法，可以向当地消费者协会、市场监管部门或法律援助机构寻求帮助。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他关于房产问题（物业纠纷）或其他婚姻家庭、经济纠纷、债权债务领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。