缺勤扣款是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法缺勤扣款的情况
规章制度明确且合法：
- 如果公司有明确的规章制度，规定了缺勤的扣款标准，并且这些规章制度是经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、公示或告知员工的，那么缺勤扣款在符合规章制度规定的情况下是合法的。
- 例子：公司规章制度规定，员工无故缺勤一天，扣除当日工资的100%；因病缺勤，需提供医院证明，不扣款或按一定比例扣款。这样的规定，如果合法且已告知员工，那么缺勤扣款就是合法的。
劳动合同中有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了缺勤的扣款条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么缺勤扣款也是合法的。
- 例子：劳动合同中约定，员工每月缺勤超过一定天数，将扣除相应比例的奖金或工资。这样的约定，如果合法且双方自愿，那么缺勤扣款就是合法的。
二、非法缺勤扣款的情况
规章制度不合法或未公示：
- 如果公司的规章制度没有经过民主程序制定，或者未公示、未告知员工，那么这些规章制度对员工不具有约束力，缺勤扣款也就可能不合法。
- 例子：公司突然出台一项规定，未经职工代表大会讨论，也未告知员工，就规定缺勤一天扣除双倍工资。这样的规定是不合法的，缺勤扣款也就不合法。
扣款超过法定限度：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有法定情形（如代扣代缴个人所得税、社会保险费等）。即使因员工缺勤需要扣款，扣款金额也不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式：若员工月工资为W，缺勤扣款金额为D，则应满足：D ≤ 0.2W，且W - D ≥ 当地最低工资标准。
- 例子：员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果员工缺勤一天，公司最多只能扣除1000元（即5000元的20%），且扣除后员工工资不得低于2000元。如果公司扣除1500元，那么这样的扣款就是不合法的。
无正当理由扣款：
- 如果公司无法提供员工缺勤的合法证据，或者扣款理由不充分、不合理，那么缺勤扣款也可能不合法。
- 例子：公司声称员工缺勤，但无法提供考勤记录或员工签字的缺勤证明，却仍然扣除员工工资。这样的扣款就是不合法的。
三、建议与提醒
- 员工角度：如果遇到非法缺勤扣款的情况，员工可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司角度：公司应制定合法、合理的规章制度和劳动合同条款，明确缺勤的扣款标准和程序；同时，应加强考勤管理，确保扣款有据可依、合理合法。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。