结论前置：在工厂上班自离，一般情况下单位不得无故克扣工资，但在特殊情形下，如给单位造成经济损失或未提前通知离职，单位可以合理扣除部分工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的工资支付
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的规定，劳动者提供正常劳动后，用人单位有义务按月以货币形式支付相应的工资报酬。这意味着，即使劳动者选择自行离职（自离），对于其实际工作期间所产生的劳动成果，用人单位也应当按照约定支付工资，不得无故克扣或拖欠。
二、特殊情形下的工资扣除
给单位造成经济损失：
- 如果劳动者的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，且用人单位能够证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者进行赔偿。这种赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
- 举例：假设劳动者当月工资为5000元，因自离给单位造成经济损失1000元，单位可以扣除的赔偿金额最多为1000元（不超过当月工资的20%），扣除后剩余工资为4000元，仍高于当地月最低工资标准，因此单位可以扣除1000元作为赔偿。
未提前通知的代通知金：
- 如果劳动合同中有明确约定，劳动者未提前通知用人单位而擅自离职需要支付相当于一定时间工资的代通知金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据约定扣除相应金额。然而，需要注意的是，各地司法实践对于这种约定的效力认定可能存在差异。
三、劳动者的权益保障
- 用人单位在扣除工资时，必须有明确的法律依据或合同约定，并且要遵循法定程序。如果劳动者认为用人单位克扣工资的行为不合理或不合法，首先可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、建议与提醒
- 提前通知与交接：虽然员工有权自离，但为了避免不必要的纠纷和损失，建议员工在离职前按照相关规定提前通知用人单位，并办理好离职交接手续。
- 了解规章制度：部分工厂可能在规章制度中规定了自离的相关处理方式。员工在入职时应仔细阅读并了解这些规章制度，以便在离职时能够按照规定行事。
综上所述，自离是否会扣工资并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。在任何情况下，用人单位都应遵守法律规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，在遇到问题时及时寻求法律帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。