结论前置：旷工自离后，工资是否会被扣需视具体情况而定。一般来说，旷工自离不应成为用人单位扣发之前已工作期间工资的理由，但用人单位可以依法扣除旷工期间的工资及因旷工给单位造成的经济损失（需符合法定条件）。
一、旷工自离与之前工资的关系
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，劳动者之前已工作期间的工资，用人单位应当按时足额支付，不应因旷工自离而扣发。
实际工资的计算与支付：
- 劳动者在自离前实际提供了劳动的，用人单位应当按照劳动者实际出勤天数和双方约定的工资标准支付相应的劳动报酬。例如，若劳动者月工资为6000元，按每月21.75天的计薪天数计算，日工资约为275.86元。若该劳动者在自离前实际出勤了10天，则用人单位应支付其约2758.6元的工资。
二、旷工期间的工资扣除
合法扣除：
- 用人单位可以依法扣除劳动者旷工期间的工资。扣除标准通常按照劳动合同或公司规章制度中的约定执行，但不得违反法律法规。如公司规定旷工一天扣除两倍日工资，则旷工三天可扣除六倍日工资，但扣除后剩余工资不能低于当地最低工资标准。
无薪处理：
- 员工旷工期间，由于未向用人单位提供劳动服务，用人单位有权不支付旷工期间的报酬。这是基于劳动合同中双方约定的劳动义务与报酬支付的对等性原则。
三、经济损失的赔偿
赔偿条件：
- 如果劳动者的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求劳动者赔偿。赔偿金额需根据实际情况具体评估，并确保合理性。
赔偿限制：
- 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是为了保护劳动者的基本生活需求，防止用人单位过度扣除工资。
四、劳动者权益保护途径
协商解决：
- 面对不合理扣工资的情况，劳动者应首先尝试与用人单位进行协商解决。通过沟通，了解用人单位扣工资的具体原因和依据，并尝试达成共识。
投诉举报：
- 若协商无果，劳动者可依法向劳动监察部门投诉举报。劳动监察部门将依法对用人单位的违法行为进行调查处理，并保障劳动者的合法权益。
劳动仲裁：
- 劳动者还可以提起劳动仲裁申请，通过法律途径维护自己的合法权益。劳动仲裁机构将依法对争议进行裁决，并保障劳动者的合法权益得到实现。
举例说明：假设某劳动者月工资为5000元，因旷工三天被用人单位视为自离。用人单位规定旷工一天扣除两倍日工资，则旷工三天可扣除3000元（假设日工资为227.27元，两倍日工资为454.54元，三天为1363.62元，但此处为简化计算，直接按扣除3000元说明，实际应按具体日工资计算）。然而，若该劳动者之前已工作20天，应得工资约为4545.45元（5000元/21.75天*20天）。在此情况下，用人单位应支付劳动者4545.45元工资，并可依法扣除旷工期间的工资（但扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准）。若用人单位试图扣发全部工资或更多，则构成违法克扣工资，劳动者有权依法维权。
总结与建议：旷工自离后，工资是否会被扣需根据具体情况判断。劳动者应了解自己的权益，并在遇到问题时采取合适的措施来保护自己的合法权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，合理处理旷工自离问题，避免违法克扣工资等行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。