结论：拍摄他人上班抽烟的视频是否违法，需根据拍摄的场合、目的、使用方式以及是否侵犯他人合法权益等多个因素来综合判断。
分析如下：
拍摄场合与隐私权：
- 如果拍摄行为发生在公开场合，如公司走廊、吸烟区等，且抽烟者并未表现出对隐私的强烈期待，那么拍摄行为可能不构成对隐私权的侵犯。
- 如果拍摄行为发生在私密场合，如办公室内部（且该办公室并非公共区域）、洗手间等，且抽烟者有合理的隐私期待，那么未经允许的拍摄行为可能侵犯了他人的隐私权。
拍摄目的与使用方式：
- 如果拍摄目的是为了记录工作场所的违规行为（如违反公司禁烟规定），且视频仅用于内部管理或向相关部门举报，且未公开传播，那么这种拍摄行为可能具有一定的合法性。
- 如果拍摄目的是为了恶意诋毁、侮辱或传播他人隐私，或者将视频公开传播到网络等公共平台，那么这种拍摄行为很可能构成侵权，甚至可能触犯刑法中的相关条款（如侮辱罪、诽谤罪等）。
是否侵犯他人合法权益：
- 除了隐私权外，还需要考虑是否侵犯了他人的肖像权、名誉权等合法权益。如果拍摄的视频中包含了他人的清晰面部特征，且未经允许被公开传播，那么可能构成对肖像权的侵犯。
- 如果视频内容被恶意剪辑或歪曲，导致他人名誉受损，那么可能构成对名誉权的侵犯。
法律建议：
- 在拍摄他人时，应尊重他人的隐私权和肖像权，避免在私密场合或未经允许的情况下进行拍摄。
- 如果拍摄目的是为了记录违规行为或进行合法举报，应确保视频内容的真实性和客观性，并避免公开传播。
- 如果发现自己的隐私权、肖像权或名誉权被侵犯，应及时收集证据并寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果拍摄行为被认定为侵犯他人隐私权、肖像权或名誉权，拍摄者可能需要承担民事责任，如赔偿损失、赔礼道歉等。
- 在严重情况下，如果拍摄行为触犯了刑法中的相关条款，拍摄者还可能面临刑事处罚。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。