结论：招标代理在招标文件中未包含专家费，后续收取的依据主要取决于招标文件的具体约定、相关法律法规的规定以及双方协商的结果。以下从不同角度进行详细分析：
一、招标文件的具体约定
招标文件作为合同要约：招标文件在法律上通常被视为要约邀请，但一旦投标人响应并提交投标文件，招标文件中的条款（包括费用条款）即成为双方合同的一部分。因此，如果招标文件中明确约定了专家费的承担方式或支付条件，那么后续收取专家费应依据该约定进行。
招标文件未约定或约定不明：若招标文件中未提及专家费或约定不明确，则需考虑其他因素来确定后续收取的依据。
二、相关法律法规的规定
《中华人民共和国招标投标法》：该法主要规范了招标投标活动的基本程序和原则，但并未直接规定专家费的承担方式。然而，它强调了招标活动的公平、公正和公开原则，以及招标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同的要求。在缺乏具体约定时，可参照该法的原则和精神，结合实际情况进行合理判断。
其他相关法规：如地方性法规或行业规范中可能对专家费的承担有具体规定。例如，某些地区可能要求招标人承担专家评审费用，或者规定专家费应由中标人承担等。因此，在具体操作中，还需查阅并遵循当地的相关法规。
三、双方协商的结果
协商原则：在招标文件未约定或约定不明，且相关法律法规也未提供明确指导的情况下，招标人和投标人（或中标人）可以通过协商来确定专家费的承担方式。协商应遵循公平、合理和诚实信用的原则，确保双方的权益得到平衡。
协商内容：协商内容可能包括专家费的金额、支付方式、支付时间等。双方应就这些内容达成一致意见，并签订书面协议以明确各自的权利和义务。
四、实际操作建议
审查招标文件：首先，应仔细审查招标文件，查看其中是否对专家费有明确约定。如有约定，则按照约定执行；如无约定或约定不明，则继续考虑其他因素。
查阅相关法律法规：其次，应查阅并遵循当地的相关法律法规和行业规范，以确定专家费的承担方式是否受到法律或规范的约束。
积极协商：在缺乏明确约定和法律法规指导的情况下，应积极与对方进行协商，以达成公平合理的解决方案。
签订书面协议：无论通过何种方式确定专家费的承担方式，都应签订书面协议以明确各自的权利和义务，避免后续产生纠纷。
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