结论：公司扣员工一千元工资，员工并非直接向法院起诉，而是应先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，再向法院提起诉讼。

详细分析：

1. 劳动争议解决程序：

   • 根据我国《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议的处理一般遵循“先裁后审”的原则。这意味着，当员工与公司之间因工资扣减等劳动争议产生时，员工应首先向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，而不是直接向法院提起诉讼。
   • 仲裁委员会在受理仲裁申请后，会进行调解或裁决。如果员工对仲裁结果不满意，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

2. 公司扣工资的合法性：

   • 公司扣减员工工资必须基于合法、合理的理由，并且需要符合相关的法律法规和劳动合同的约定。例如，如果员工因违反公司规章制度或造成公司损失而被扣减工资，公司需要提供充分的证据来证明其扣减行为的合法性。
   • 如果公司无正当理由扣减员工工资，或者扣减的金额超过了法律法规或劳动合同约定的范围，那么这种行为就是违法的，员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能获得相应的赔偿。

3. 员工的维权途径：

   • 当员工发现公司扣减其工资时，应首先与公司进行沟通，了解扣减的原因和依据。如果公司无法提供合理的解释或证据，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行调查和处理。
   • 如果劳动监察部门的处理结果未能满足员工的需求，或者员工对处理结果有异议，那么员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

建议：

• 在处理此类劳动争议时，员工应保留好相关的证据，如工资条、劳动合同、公司规章制度等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的权益。
• 如果员工对劳动争议的处理程序或相关法律法规不了解，可以寻求专业的法律帮助或咨询，以确保自己的权益得到充分保护。

后续行动：

• 如果您已经与公司就工资扣减问题进行了沟通，但未能达成一致意见，建议您尽快向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
• 在申请仲裁前，您可以先收集好相关的证据材料，并了解清楚仲裁的程序和要求，以便更好地维护自己的权益。

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