结论：在建工程抵押后，并没有直接的法律法规明确禁止抵押人单方申请初始登记，但抵押权的设立和行使会受到相关法律法规的严格规范，抵押人在申请初始登记时需确保不损害抵押权人的利益，并遵守相关程序和规定。
分析说明：
抵押权设立与初始登记的关系：
- 在建工程抵押是指抵押人为了担保债务的履行，将正在建造的建筑物抵押给抵押权人。抵押权的设立，并不直接阻止抵押人进行初始登记，即取得建筑物的所有权证书。但抵押权的存在，意味着抵押人在处分该建筑物（包括转让、出租等）时，需受到抵押权人的限制，并需确保抵押权人的利益不受损害。
相关法律法规的规范：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押期间，抵押人可以转让抵押财产。当事人另有约定的，按照其约定。抵押财产转让的，抵押权不受影响。这意味着，虽然抵押人可以申请初始登记并取得所有权证书，但在转让等处分行为上需受到一定限制，且需确保抵押权人的权益。
- 同时，《城市房地产抵押管理办法》等规章也对在建工程抵押的登记、管理等方面进行了详细规定，要求抵押人在进行相关操作时需遵守特定程序和规定，以保障抵押权人的利益。
抵押人单方申请初始登记的注意事项：
- 抵押人在申请初始登记时，应确保已按照相关法律法规和抵押合同的约定，履行了通知抵押权人、提供必要文件等义务。
- 抵押人应确保初始登记的申请不会损害抵押权人的利益，例如，在抵押权未解除前，不得擅自转让或出租抵押物。
- 若抵押合同中有特别约定，如抵押人申请初始登记需经抵押权人同意等，抵押人应遵守这些约定。
特殊场景：
- 若抵押合同中明确约定了抵押人在抵押期间不得单方申请初始登记，或需经抵押权人同意后方可申请，则抵押人需遵守这些约定，否则可能构成违约。
- 在某些特殊情况下，如抵押物因司法程序被查封、扣押等，抵押人申请初始登记的权利可能受到进一步限制。
行动建议：
- 作为抵押人，在申请在建工程的初始登记前，应仔细审查抵押合同和相关法律法规，确保自己的行为符合约定和法律规定。
- 若对抵押权设立后的初始登记流程、注意事项等存在疑问，建议及时咨询专业律师，以避免因操作不当而引发法律纠纷。
- 作为抵押权人，也应密切关注抵押物的登记情况，确保自己的抵押权得到有效保障。若发现抵押人有违规操作或可能损害自己利益的行为，应及时采取法律措施进行维权。
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