您好，关于孕期休假公司应该如何发工资的问题，这主要取决于您所休假的类型以及是否参加了生育保险。下面我将为您详细解析：

一、产假期间

1. 已参加生育保险：

   • 根据《女职工劳动保护特别规定》和《中华人民共和国社会保险法》，女职工在产假期间的生育津贴由生育保险基金支付。生育津贴的计算公式通常为：生育津贴=用人单位上年度职工月平均工资÷30×规定的假期天数。这意味着，您将收到生育保险基金支付的生育津贴，而非公司直接支付的工资。
   • 若生育津贴低于您原工资标准的，用人单位需要补足差额部分；若高于原工资标准，则用人单位不得截留，需全额支付给您。

2. 未参加生育保险：

   • 对于未参加生育保险的女职工，产假期间的工资由用人单位支付，标准按照您产假前的工资执行。

二、流产休假期间

• 依据《女职工劳动保护特别规定》，女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。
• 已缴纳生育保险的女职工，流产期间的生育津贴同样由生育保险基金支付，计算方法与产假生育津贴类似。
• 未缴纳生育保险或生育津贴低于本人工资标准的，由用人单位按照您流产前工资标准支付工资。

三、保胎假（病假）

• 保胎假通常是因怀孕女职工身体原因需要休息保胎，需医生开具证明，并按病假处理。
• 保胎假期间的工资一般按照病假工资的标准发放，这通常根据您的工龄和在本单位的工作年限，按照一定的比例来计算。具体比例由用人单位根据自身规章制度确定，但不得低于当地最低工资标准的80%。

四、产检假

• 国家规定女职工在孕期可以享受一定的产检假时间，用于进行产前检查。
• 产检假一般按出勤对待，即视为正常上班，工资应按照您正常出勤时的工资标准全额发放，包括基本工资、绩效工资等。

五、产前假与哺乳假

1. 产前假：

   • 怀孕7个月以上，工作许可且经本人申请、单位批准，女职工可请产前假。
   • 产前假期间的工资通常按照您以往每月实发工资标准的八成发放。

2. 哺乳假：

   • 女职工生育后，若有困难且工作许可，可由本人提出申请，经单位批准后请哺乳假。
   • 哺乳假期间的工资也按照您以往每月实发工资标准的八成发放，延长期间则可能按七成发放，具体根据单位规定。

六、事假

• 如果您请的是事假，由于事假通常是由于个人原因而请，与工作无关，因此当天的工资公司可以不发。

总结与建议：

在任何情况下，用人单位都应遵守相关法律法规，不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动或聘用合同。同时，作为女职工，您也应了解自己的权益，确保在怀孕期间得到应有的待遇。如果您对公司的工资发放有疑问或不满，建议及时与人力资源部门沟通，或咨询专业律师以维护自己的合法权益。