核心结论：针对员工不按公司最新薪资架构执行的情况，公司可依据不同情形，通过沟通协商、完善制度、依法调整或解除劳动合同等方式处理。以下是具体分析：
- 先尝试沟通协商
- 公司应首先与不按新薪资架构执行的员工进行友好且深入的沟通。了解员工拒绝执行的原因，是因为对新架构存在误解，还是认为新架构不合理损害了自身权益等。例如，员工可能没有充分理解新薪资架构中绩效工资的计算方式，以为会减少自己的收入。通过沟通，向员工详细解释新薪资架构的制定目的、具体内容和优势，争取员工的理解和配合。
- 如果员工是因为个人经济困难等特殊原因暂时无法接受新薪资架构，公司可以在合理范围内考虑给予一定的过渡期或者适当的补贴，帮助员工度过难关，同时引导员工逐步适应新的薪资体系。
- 完善公司制度与流程
- 公司要确保最新的薪资架构制定程序合法合规。薪资架构的调整属于涉及员工切身利益的重大事项，根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司没有遵循这样的程序，新薪资架构可能不具有法律效力，员工有权拒绝执行。
- 完善薪资调整的书面通知和确认流程。在确定新的薪资架构后，公司要以书面形式通知每一位员工，明确告知新薪资架构的具体内容、生效时间等重要信息，并要求员工签字确认。如果员工拒绝签字，公司可以通过邮寄、电子邮件等方式送达，并保留好相关送达证据。这样可以避免日后因薪资调整问题产生纠纷时，公司处于被动地位。
- 依法调整员工工作岗位或解除劳动合同
- 如果员工经过沟通和解释后，仍然无正当理由拒绝执行新的薪资架构，且其行为严重影响了公司的正常生产经营秩序和管理秩序，公司可以根据公司的规章制度，对员工进行相应的纪律处分。例如，给予警告、记过等处分，并将处分决定书面通知员工。
- 若员工的拒不执行行为持续存在，且符合公司规章制度中规定的可以调整工作岗位的情形，公司可以依法调整员工的工作岗位。在调整工作岗位时，要注意调整后的岗位应与员工的技能和能力相匹配，并且薪资水平原则上不应低于原岗位的合理水平。如果员工拒绝调整工作岗位，公司可以依据规章制度解除劳动合同，但需要提前三十日以书面形式通知员工或者额外支付员工一个月工资，并按照法律规定支付经济补偿。
- 如果员工不执行新薪资架构是因为公司单方面降低其工资待遇，且这种降低没有合法合理的依据，员工可以依据《劳动合同法》第三十八条规定，以公司未及时足额支付劳动报酬为由，解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。公司在这种情况下要谨慎处理，避免因违法降薪引发劳动纠纷。