核心结论：若农村自建房发生意外事故后对方未按协议付清赔偿款，可通过协商、申请调解、提起诉讼等途径解决，具体如下：

1. 协商解决
   • 尝试友好沟通：首先可以主动与对方取得联系，以友好、平和的态度与对方交流，了解对方未付清赔偿款的具体原因。也许对方是遇到了暂时的经济困难，或者对赔偿款的支付时间、方式等存在误解。通过沟通，双方可以重新协商一个合理的支付计划，比如延长支付期限、分期支付等，并签订书面的补充协议，明确新的支付安排和违约责任，以保障自身的权益。
   • 借助中间人调解：如果双方直接沟通效果不佳，可以邀请双方都信任的中间人，如村里的长辈、德高望重的人或者当地的基层组织工作人员等，出面进行调解。中间人可以从客观、公正的角度分析问题，提出合理的解决方案，促使双方达成一致意见，签订调解协议。这种方式相对比较灵活、便捷，成本也较低，有利于维护双方的关系。
2. 申请调解
   • 向人民调解委员会申请：可以向事故发生地或者当事人所在地的农村人民调解委员会提出调解申请。人民调解委员会是依法设立的调解民间纠纷的群众性组织，具有专业性和权威性。调解委员会会安排专业的调解员对纠纷进行调查了解，组织双方进行调解。在调解过程中，调解员会依据法律法规和政策，结合实际情况，提出合理的调解方案。如果双方达成调解协议，该协议具有法律约束力，双方应当按照协议履行。
   • 调解协议的效力与履行：经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。人民法院依法确认调解协议有效，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向人民法院申请强制执行。这为调解协议的履行提供了有力的法律保障。
3. 提起诉讼
   • 准备诉讼材料：如果协商和调解都无法解决问题，可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在起诉前，需要准备好相关的证据材料，如事故发生的相关证明、赔偿协议、对方未履行赔偿义务的证据（如聊天记录、转账记录等）、身份信息等。同时，要撰写好起诉状，明确诉讼请求、事实和理由等内容。
   • 诉讼流程：将起诉状和证据材料提交给法院后，法院会进行审查，符合立案条件的会予以立案。立案后，法院会安排开庭审理，在庭审过程中，双方当事人可以进行举证、质证、辩论等环节，充分阐述自己的观点和主张。法院会根据双方提供的证据和法律规定，作出判决。如果对方在判决规定的期限内仍未履行赔偿义务，可以向法院申请强制执行，法院会采取查封、扣押、冻结、划拨等强制措施，强制对方履行赔偿义务。

在处理此类问题时，要注意保留好相关的证据，以便在协商、调解或诉讼过程中维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。