公司侵占员工待发工资，员工向相关部门主张权利确实存在时间限制，这主要涉及到劳动争议的仲裁时效和民事诉讼的诉讼时效问题。以下是对这一问题的详细分析：
一、劳动争议仲裁时效
一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
特殊情形：
- 如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受上述一年仲裁时效期间的限制。但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。这意味着，如果员工在公司工作期间发现工资被侵占，可以在劳动关系存续期间随时提出仲裁申请；但如果员工已经离职，则需要在离职后的一年内提出仲裁申请。
二、民事诉讼时效
一般规定：
- 如果劳动争议仲裁委员会不予受理或者仲裁裁决后，员工对裁决结果不服，可以向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
与劳动争议仲裁时效的衔接：
- 在劳动争议中，员工通常需要先经过劳动争议仲裁程序，才能向人民法院提起诉讼。因此，民事诉讼时效的起算点通常是在劳动争议仲裁裁决生效后或者劳动争议仲裁委员会不予受理通知书送达之日起。但需要注意的是，如果员工在劳动争议仲裁阶段已经提出了相关请求，并且仲裁裁决已经涉及该请求，那么员工在提起诉讼时，应当确保诉讼请求与仲裁请求一致，并且诉讼时效期间应当自仲裁裁决生效之日起计算。不过，在工资侵占这类案件中，更关键的是遵循劳动争议仲裁的时效规定。
三、实际操作建议
及时主张权利：
- 员工一旦发现公司侵占待发工资，应当尽快与公司沟通协商，要求公司支付拖欠的工资。如果公司拒绝支付或者无法联系到公司，员工应当及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
保留证据：
- 在主张权利的过程中，员工应当保留好相关证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以证明公司确实存在侵占工资的行为。这些证据在仲裁和诉讼过程中都将起到至关重要的作用。
咨询专业律师：
- 如果员工对仲裁或诉讼程序不熟悉，或者担心自己的权益无法得到充分保障，可以咨询专业律师。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，帮助你更好地维护自己的合法权益。
总结来说，公司侵占员工待发工资，员工向相关部门主张权利的时间限制主要取决于劳动争议的仲裁时效和民事诉讼的诉讼时效。员工应当及时主张权利，保留好相关证据，并在必要时咨询专业律师。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。