结论前置：员工上半个月班公司扣全勤奖是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法合理以及员工是否违反相关规定。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度合法合理且员工违反的情况：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件，比如要求员工当月必须全勤（即无迟到、早退、旷工等任何缺勤情况）才能获得全勤奖，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并向员工进行了公示或告知，那么该规章制度是合法有效的。
   • 在此情况下，如果员工上半个月班，下半个月缺勤（无论何种原因），导致当月未全勤，公司根据规章制度扣除全勤奖是合法的。因为员工未满足全勤奖的发放条件，公司有权按照既定规则处理。

2. 公司规章制度不合法或不合理的情况：

   • 如果公司的规章制度中关于全勤奖的扣除规定存在违法或不合理之处，比如规定只要员工有任何缺勤（包括病假、事假等合理缺勤）就扣除全勤奖，且该规定未经过民主程序制定或未向员工公示告知，那么该规章制度可能被认定为无效或部分无效。
   • 在此情况下，公司扣除全勤奖的行为就可能缺乏合法依据，员工有权要求公司返还被扣除的全勤奖。因为公司的规章制度未遵循法定程序或未合理保障员工权益，不能作为扣除全勤奖的合法理由。

3. 员工未违反公司规章制度但公司仍扣除全勤奖的情况：

   • 如果员工实际上并未违反公司关于全勤奖的发放条件（比如员工上半个月班，下半个月因公司原因（如停工、放假等）未上班，且公司规章制度中未规定此类情况需扣除全勤奖），但公司仍无故扣除全勤奖，那么公司的行为就构成违法。
   • 在此情况下，员工有权向公司提出异议，要求公司返还被扣除的全勤奖，并有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于员工而言，如果认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除全勤奖的具体理由和依据。
• 如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
• 在此过程中，员工应保留好相关证据（如公司规章制度、考勤记录、工资条等），以便在需要时提供证明。

可能法律后果：

• 如果公司扣除全勤奖的行为被认定为违法或不合理，公司可能需要承担返还全勤奖、支付赔偿金等法律责任。
• 同时，公司的违法行为还可能受到劳动监察部门的处罚，影响公司的声誉和形象。

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